光绪帝长大以后，希望掌握实权，并力主变法强国。他大胆启用康有为、梁启超等维新志士，模仿西方，在全国实行变法维新。他的这一举措，触动了以西太后为首的保守派的利益，西太后与光绪帝的矛盾日益升级。最后，慈禧太后发动了戊戌政变，囚禁了光绪帝，并将珍妃打入了冷宫。这次政变虽然是帝后两党长期的权力斗争所导致的必然结果，但李莲英经常在慈禧身边搬弄是非，使慈禧太后与光绪帝关系进一步恶化也是其中因素。 　　

囚禁光绪的瀛台

　　光绪被囚禁于瀛台后，虽然也完全在李莲英的监视之下，但李莲英仍不善罢干休，不放过任何一个能够离间帝后二人、使西太后更加憎恨光绪帝的机会。　　以反帝为宗旨的义和团运动在河北、山东及京津一带兴起，他们与殖民者展开了激烈的斗争。为了加强对中国的殖民统治，达到重新瓜分中国的最终目的，光绪二十六年 (公元1900年)，英、法、俄、日、美、德、意、奥等八国组成八国联军以惩戒义和团的名义向天津、北京进军。　　在大沽炮台等许多重要战略要地失守、皇城告急的情况下，西太后慌忙决定带着光绪帝逃往西安。在出发之前，又命崔玉贵等人将光绪帝的爱妃珍妃推入井中。李莲英也随驾前往西安。此番西逃是李莲英的主意。前途的茫然令慈禧太后对这一决定很是懊恼。她于是迁怒于李莲英，对其日渐冷淡。李莲英察觉西大后这一变化后，在后悔之余，仍不忘挖空心思，想重新唤回西太后对他的恩宠。聪明机警、懂得见机行事的他，决定暂时收起往日的锐气，少说话多做事，并从生活细微之处着手，再博西太后的欢心……于是，一路上，他对西太后更是细心侍候，唯唯诺诺。终于，他又等到了再获慈禧宠信的机会。那一天，天降暴雨，路面极滑，西太后的骡车眼看就要落入万丈深渊。危急时刻，李莲英挺身而出，用身体拦住了正在下滑的骡车，使慈禧脱险。而李莲英此时虽然已经身受重伤，口吐鲜血，但仍不忘询问西大后的安危。他的忠心令西太后感动不己。西大后从此改变了对李莲英的态度，重新开始宠信李莲英。由此可见李莲英细致入微的功夫收到了非常好的效果。 　　经过四十四天的颠沛流离，长途跋涉，慈禧等一行人终于在七月下旬抵达西安府。在西安府，李莲英更是演了一出奴才当 "主子"、主子随奴才走的戏。事情是这样的:早先，关于是否对八国联军宣战一事，朝廷并未达成共识，有主战、主和两派，慈禧支持主战派。然而时局演变到如此地步，主和又等于自己打自己嘴巴。西太后左右为难，不知如何是好。在一旁的李莲英早已耐不住性子，他向慈禧献计说:"老佛爷可以宽一部分心，因为义和团已一撅不振;至于洋人方面，把主战的全部责任推给端邵王等。老佛爷可再下懿旨，命庆亲王和李中堂处埋此事，取得联军的谅解，早日达成议和。"几天之后，慈禧便下旨，声称要 "量中华之物力，结与国之欢心"，命李鸿章、奕欣等人，不惜一切代价，早日达成议和协议。在李莲英的怂恿下，慈禧做出了令国人所不齿的可耻行为。虽然是国难当头，仓皇西逃，但李莲英仍不忘聚敛钱财、纳贿弄权。潼关施某想要当道台，但因未打通内线，未能如愿。于是他便借李莲英路过潼关的机会送李莲英重礼，请他为其补道台之缺出力。李莲英间慈禧说明施某的意思，问应捎多少银子。慈禧说:"现在逃难，就按以前的价钱收一半B吧!"西逃时尚且如此，可想而知，平时李莲英不知卖了多少官位，收了多少不义之财。