除了规模的狭隘以外，元朝科举制度还有两个明显的特点。一是优待“国族”，压抑“汉人”和“南人”。人数上占很少数的蒙古、色目人与人口众多的“汉人”、“南人”录取名额相等，中选的机会就大不相等了。又按十六科取士总数，最多可以有一千六百人。但实际录取人数，只占额定高限的四分之三，其中元统元年（1333）一科，因政府加意于粉饰文治，经复增会试中程者，方才取士足额。其他各届科考，乡试录取数即不足额，会试复经淘汰，得中者自然就不及百人之数。“汉人”、“南人”赴考者人数极多。如江西每岁就试的“南人”，一般都在数千人。但延祐元年和延祐四年乡试，江西“南人”中选者分别为十八人、二十一人。录取不足的原因，很难以“南人”中缺乏合格人选来解释，只能是因为蒙古、色目考生难以满选，所以“汉人”、“南人”的选额亦必须保持一定空缺。可见此种不平等，实际上还阻碍了科举规模的进一步发展。

其次，元朝规定的科举考试的科目有三。“经疑经义以观其学之底蕴，古赋诏诰章表以著其文章之华藻，复策之以经史时务以考其用世之才”。与前代相比，最重要的变化是程朱理学被正式定为考试取士的标准。按朱熹的四书训说在南宋末年已被立于官学，表明开始为政府所承认，但当时它在儒家学统各派当中远未取得独尊的正统哲学的地位。宋末科试始许用朱注，惟仅为允许采取的诸家学说之一。直到元朝颁布科举制度，程朱理学才被政府定于一尊。凡“四书”和《诗经》均须用朱注，《周易》主程、朱氏之说，《尚书》以朱熹门人蔡沈阐释为主，《春秋》用程颐私淑胡安国所传，除《礼记》尚用古注疏、《春秋》许并用三传外，其他儒家经典一以程朱理学的阐发附会为本。元朝科学制度对于理学在中国社会的推广，起了重要的作用。

征召就是皇帝根据左右大臣的举荐，将那些尚在野的闻人达士召入廷对，授职录用。这种特旨征用的适用范围是很广的。如忽必烈前期，董文忠荐真定人工思廉。“世祖问文忠曰：‘汝何由知王思廉贤？’对曰：‘乡人之善者称之也’。遂召见，授符宝局掌书。”（《元史·王思廉传》）郭守敬以“习水利，巧思绝人”为张文谦所荐。世祖召见，面陈水利六事，乃命之提举诸路河渠。采取征召授官的方式，有时是为了解决某些专门化的职务的人选问题；更多的时候，则是出于朝廷为标榜自己“求贤若渴”、“野无遗才”的政治需要。元平江南以后，命程钜夫以集贤直学士、侍御史奉诏求贤江南。程钜夫遍访南方名儒，回京举荐约三十人。其中大多数人应诏至京，“帝皆擢置台宪及文学之职”（元史·程钜夫传》）。此次征召，则更明显地带有笼络江南知识界、稳定新附国土人心的意图了。