其次，从现代民族学研究来说，认定图腾制度存在的依据大都是本民族的传说和一些与动植物有关的风俗。我们试举吴晓东先生的《苗族图腾与神话》为例，从对中国少数民族的专称中，这些民族的语言中很少有一个与“图腾”相对应的词汇或是概念。而在澳大利亚的土著民族中，“科邦”、“恩盖蒂”、“穆尔杜”或是“克南札”都是不同民族与“图腾”意思接近的词汇。他把枫树作为苗族的图腾，理由主要是苗语中把枫树称作“妈妈树”，另外还有一些地方保留着敬拜枫树的风俗，还有一个依据就是那首有名的苗族古歌《枫木歌》，诗歌中描述了枫木死去幻化为万物的故事；苗族还有佩戴牛角饰物的传统，日常生活中人们对水牛也异常尊敬，因此水牛也被看作是苗族的图腾；花苗有杀保命猪的风俗，这一习俗也被认为含有一定的图腾意味。实际上，以上的风俗更能体现出古代原始崇拜的痕迹，一味地往“图腾”的含义上归纳未免带上浓重的附合之嫌，这样，就又产生了疑问，即区分原始动植物神崇拜和图腾崇拜的标志是什么？原始崇拜和图腾崇拜中是各自独立发展的还是有重叠交叉的痕迹？

同样的问题也适用于对考古发现的理解上。大溪文化流行用鱼随葬就把鱼视作图腾是否合适？由于半坡文化中的鱼纹发达就贸然把鱼看作为氏族图腾其科学的根据究竟占多大的成份？以后者为例，赵国花先生就曾提出异意。他举临潼姜寨遗址为例，姜寨也曾出土有同半坡遗址一样的人面鱼纹彩陶盆，证明了二者之间的紧密联系，但是，姜寨遗址中不仅有鱼纹，共存的还有蛙纹和鸟纹，那么单单将鱼作为图腾，“做出取舍的理由又是什么？”姜寨遗址中还出土有“鱼鸟纹”，这种鱼鸟共存同一图案中的画样在史前的其他地域，以及后来的周代青铜器上、秦汉时期的瓦当上、汉画像砖上，甚至明代织锦和砖刻上均有发现，对这种现象“套用‘图腾徽号’能够将它解释明白吗？”（赵国华：《生殖崇拜文化论》，中国社科出版社，1990年，147、148页）我们似乎很难用肯定的态度来回答赵国华先生的提问。这样的纹样实际上完全是古代人原始宗教观点的反映，和图腾有多大的关系则很难说清。由此，可以说，在对中国图腾文化的论证过程中，把原始宗教完全混同于图腾崇拜之中是十分普通的现象，对“图腾”理论的运用也大多是“简单的套用”，“缺少应有的论证和具体的说明”（赵国华语）。

何星亮先生的《中国图腾文化》一书是国内外第一部中国图腾文化专著，其资料的丰富性和内容的翔实性使此书具有了较高的学术价值。然而它用图腾学说来解释古史、民族学以及考古发现中几乎所有的宗教风俗的做法似乎很难让人信服。例如建立夏代的夏人的图腾一直有龙说、石说、熊说、鱼说和薏苡说之争，何星亮先生则不偏不倚，一以概之地说“……大概其中一种是民族图腾，其他则为氏族、胞族、部落或家族图腾。”在说到建立周代的周族人的图腾时他又说：“或以为是龙，或以为是鸟，或以为是龟，或以为是麒麟，或以为是犬，或以为是熊，或以为是天鼋，或以为是‘稠’，或以为是虎。可能其中一个是民族图腾，其它则是氏族、胞族、部落、家族或各姓氏的图腾。”（340页）这种缺乏科学依据的、想当然的论证十分典型地代表了学者在运用图腾学说时所体现的盲动性和功利性。