当然,由于现存的《司马法》不是一部专门的军事理论著作,而是一部军事教典,更兼它在流传中亡佚很多,所以它的军事思想缺乏一个完整的体系。又由于战国时齐威王令大夫们将古者《司马法》与《司马穰苴兵法》合编在一起,所以它的军事思想又有前后互相矛盾之处。如:它一方面强调以“仁”治军,宣扬“攻其国,爱其民”;另一方面又提倡将军对士卒“小罪乃杀”,军中要“政栗”、“位严”,带有明显的以法治军的烙印。而以“仁”治军与以“法”治军则代表两种不同的军事思想。
同时,它在论述远古的历史时,也带有一代比一代“德衰”的退化论观念。这些都是它的历史和阶级的局限性。