魏晋南北朝是中国历史上政权更迭最频繁的时期。由于长期的封建割据和连绵不断的战争，使这一时期中国文化的发展受到特别的影响。其突出表现则是玄学的兴起、佛教的输入、道教的勃兴及波斯、希腊文化的羼入。在从魏至隋的三百六十余年间，以及在三十余个大小王朝交替兴灭过程中，上述诸多新的文化因素互相影响，交相渗透的结果，使这一时期儒学的发展及孔子的形象和历史地位等问题也趋于复杂化。

汉魏之际，曹操崛起于北方，其所遵循的思想和采取的政治措施皆为名法之治而重道德名节，从而影响了整个时代。在思想理论上，体现道法结合的刑名之学曾一度占据主导地位。

魏晋之际，道法的结合逐渐趋于破裂，以道家思想为骨架的玄学思潮开始扬弃魏晋早期的名法思想，转而批评儒法之士。这样，魏初在道法结合的基础上形成和发展起来的玄学进一步得到强化。

西晋后期，玄学思潮同极端发展，至此，玄学所主张的放达，无论从理论上，还是从行为上，都对封建政权构成破坏瓦解的作用，故引起玄学内部及儒家学者的不满，从而掀起对道家和玄学的批判思潮。

东晋时期，佛教的流行，特别是般若学的发展，在很大程度上是借助于道家、玄学的思想、语言及方法，故出现玄佛合流的趋向。因此，这一时期的儒家学者，除继续批判道家、玄学外，又以儒家的入世主义和人文传统批评佛教。他们站在维护儒家名教的立场上，分别从经济、政治、思想、文化、伦理等方面清算佛教的影响，力图恢复儒学的正统地位，但都缺乏足够的理论系统和创造性。

南北朝时期，在思想文化领域出现了不同于两晋时期的新形势，玄学思潮归于沉寂，佛道二教继续发展。佛教大量译经，广泛流行，渗透到政治、经济、社会、民俗及文化的各个层面。儒学面临严峻挑战。由于佛教的急剧膨胀，使原来儒、玄、佛、道的相互关系及其历史格局发生新的变化。儒家学者在思想、文化上的批评焦点，由老庄玄学转向佛教，出现了大批反佛思想家。

尽管魏晋南北朝时期中国文化的发展趋于复杂化，但儒学不但没有中断，相反，却有较大发展。孔子的地位及其学说经过玄、佛、道的猛烈冲击，脱去了由于两汉造神运动所添加的神秘成分和神学外衣，开始表现出更加旺盛的生命力。就魏晋南北朝的学术思潮和玄学思潮来说，都在一定程度上反映了当时一部分知识分子改革、发展和补充儒学的愿望。他们不满意把儒学凝固化、教条化和神学化，故提出有无、体用、本末等哲学概念来论证儒家名教的合理性。他们虽然倡导玄学，实际上却在玄谈中不断渗透儒家精神，推崇孔子高于老庄，名教符合自然。此时期虽然出现儒佛之争，但由于儒学与政权结合，使儒不始终处于正统地位，佛道二教不得不向儒家的宗法伦理作认同，逐渐形成以儒学为核心的三教合流的趋势。