新附军南宋灭亡之际，大批宋军降元，被元人称之为新附军或新附汉军、南军等。新附军内名号繁杂，但都不是宋军原来的番号，而是元人因军队士兵所具不同特点而起的名称，如原来在南宋领取口券的军人，被称为“券军”（又有生券军和熟券军的区分）；在手臂或手背上刺字的宋军，被称为“手号军”或手记军、涅手军等；在江南地区召集贩卖私盐的盐徒为军，称为“盐军”，等等。当时有人说元廷得宋降军“兵卒百万”，显然有所夸大，因为南宋末年隶于兵籍的只有七十余万人，大部分被元军消灭或击溃。估计当时新附军的数量在二十万人上下，其中手号军人有八万三千六百人，盐军六千余人，选入侍卫亲军的精锐南军士兵二万人。自招到大批新附军人后，元朝统治者即着手将其原有的组织系统打散，分编到元军的中央侍卫亲军（主要是汉人卫军）和地方镇戌军队之中；或以蒙古、汉人、南人军官相参，建立新的军府，管领新附军人。每当有战事发生，总是首先调发各军中的新附军人出征，不参战的新军人则要从事屯田和工役造作。经过多年的战争消耗和自然减员，新附军数量日益减少。到了元朝后期，新附军的名称亦很少有人提起，数量可观的新附军被元廷的各种军事组织和纷繁战事“消化”掉了。原来在江北立足的汉军，宋亡之后大多南下分驻江南各地屯驻，并陆续建立万户府、元帅府等统军机构，管领驻军。杭州、扬州、建康、镇江等地，是过去南宋统治的中心地带，自然成为驻戌元军的重点防守地区，往往建置数个万户府于一地，如杭州设四万户府，扬州、建康、镇江设七万户府等。其他重要城市及边远地区，亦多有万户府等设置。万户府的名称，往往不是该府的屯驻地点，而是属下军人的户籍所在地。如保定万户府，先后驻军于南康、建康、武昌，颍州万户府守杭州，等等。江浙、湖广、江西、四川、陕西、甘肃等行省之下，均设有十几个乃至几十个万户府、元帅府，属下军队以汉军为主体，参入新附军人和部分色目军人。有的军府民族成分比较单纯，如庐州万户府，“一军皆夏人”，即唐兀人。 [NextPage]其他军事组织在地方镇戍军队中，还包括“乡兵”一类的军事组织，主要由边疆地区少数民族人组成。辽东有高丽军和女直军，由依附元廷的高丽人和金朝灭亡后留在辽东的女直遗民编成。云南有寸白军，又称爨僰军，由云南土著民族爨人和白人组成。湖广有土军、黎兵、洞兵、徭兵等，由今黎族、壮族、瑶族等民族的先民组成。福建有畲军，由畲民组成。吐蕃地区的藏人，编成吐蕃军。这些军队，或由所在地区的万户府、元帅府兼管，或设立专门的万户府、千户所等，隶于宣慰司都元帅府之下。