元朝统治者组建的侍卫亲军，使用了两种不同的方式。一种是根据军事或者政治的需要，由朝廷下令在指定军队内选调精锐士兵，集中到京城，编组成侍卫亲军；这里面也包括从原有的卫军组织中分编出新卫的建置。汉人卫军和蒙古卫军的编组多采用此种方式。另一种是皇帝授权给某个有功之臣，由他来征集同族人或同类人，编组成新的卫军；色目卫军的组建多采用这种方式。前一种方式显然是受到中原传统军事制度的影响，在中原立国的王朝大多从地方选军入卫京师。后一种方式则是受到早期蒙古军事制度的影响，用编组蒙古千户的形式编组侍卫亲军，有功之臣可以自己征集下属并实施管理。怯薛和侍卫亲军虽然都是中央宿卫军队，但在职能上有明确分工。怯薛负责皇帝的安全，掌管宫城和斡耳朵（宫帐）的防卫，一般不外出作战。侍工亲军则既要负责元朝两个都城大都和上都的安全以及“腹里”地区的屯守，又是朝廷用以“居重驭轻”的常备精锐部队，随时可以派出去作战。隶属关系上二者亦不相同。怯薛由怯薛长掌管，直接听命于皇帝。侍卫亲军由各卫都指挥使司掌管，除东宫、后宫卫军外，均隶属于专掌军政的枢密院之下。兵员征集上的差异也很明显。怯薛成员主要来自蒙古各部，侍卫亲军士兵则不仅来自中原、江南的汉军、探马赤军和新附军（南宋降军），原来附籍在蒙古军中的色目人和流亡的蒙古子女等，亦是重要来源。按照元廷的规定，充当侍卫亲军的必须是精锐士兵，因此侍卫亲军成为元军的中坚力量，取代了蒙古国时期怯薛作为全军“大中军”的军事地位。元朝的地方镇戍军队，由驻牧在草原上的蒙古军和分驻各地镇守的探马赤军、汉军、新附军等构成。蒙古军一般不出戌草原以外的地区，仍然保持着有战事传檄集合、平时散归牧养的状态。千户组织还是蒙古军的基本组织形式。在元廷与东北、西北蒙古叛王的斗争中，北疆的蒙古军队起了相当重要的作用。探马赤军在中原等地区戍守的探马赤军，在结束对南宋的战争之后，被收聚到山东、河南、陕西、四川等要地屯驻，并先后建立了山东河北蒙古军都万户府（1284）、河南淮北蒙古军都万户府（1287）、四川蒙古军都万户府（1289）和陕西蒙古军都万户府（1298）等机构，分别置司于濮州（今山东郓城北）、洛阳、成都和凤翔，专门管理探马赤军。探马赤军人有了固定驻地后，家属陆续从草原牧区迁到中原农区，逐渐与蒙古本部脱离关系。如哈刺鲁人伯颜，“宋平，天下始偃兵弗服，乃土著隶山东河北蒙古军籍，分赐刍牧在为编民，遂家濮阳县南之月城村”。因为是举家南迁定居，时间长久后游猎生活习俗逐渐改变，“时北方之初至，犹以射猎为俗，后渐知耕垦播殖如华人”。这样的情况，在当时应很普遍。探马赤军人的后代都隶于军籍，儿童被编为“渐丁军”，有时称“小厮蒙古军”（《元史·兵志二》）。除了在朝廷指定的山东、河南、四川、陕西地区屯驻外，探马赤军还经常被签发出征和分番镇戍江南、云南乃至西北地区。