枢密院是全国最高军事机关，“掌天下兵甲机密之务。凡官禁宿卫，边庭军翼，征讨戍卒，简阅差遣，举功转官，节制调度，无不由之”。枢密院设知院、同知、副枢、全院、同佥、院判、参议等官，分管院内外的军政事务。在中央凡与军政事务有关的寺、院、卫、府，都要接受枢密院的调度安排。

御史台是全国最高监察机关，“掌纠察百官善恶、政治得失”。总台设大夫、中丞、侍御史、治书侍御史各二人，分管总台和所属各部门的监察事务。御史台中央直属机构有殿中司，主管监察在京的文武百官；察院，“司耳目之寄，任刺举之事”。地方的直属机构是诸道行御史台（其建置如中央御史台）和诸道肃政廉访司（元最后定制为22道）。从中央到地方的监察官员都由御史台自选，奏清皇帝批准，这在历史上是绝无仅有的，说明了元代对监察工作的重视和加强。

宣政院是全国最高宗教事务和民族事务管理机关，“掌释教僧徒及吐蕃之境而隶治之”。实际上所有的宗教和民族事务均归其所辖“其用人则自为选，其为选则军民通摄，僧俗并用”。元代是比较崇信宗教的，由皇帝直接任命的帝师，是佛教最高领袖的象征，“正衙朝会，百官班列，而帝师亦或专席于座隅”。终元之世任命帝师12人，最小的年龄只有12岁。元代不仅重视喇嘛教，对于道教、基督教、回教等也比较重视，各设有专门的管理机构，如崇福司及一些负责寺庙营缮的司和总管府，这些机构都要服从宣政院的指挥调度，从宗教信仰来划分统治支系，这是元朝政治的一大特点。

忽必烈曾经说过，中书省是我的左手，枢密院是我的右手，御史台则是我用来医治左右手的。三个系统再加上宗教思想上的控制，使皇帝能从多方面掌握各种政治情况，进而加强了皇权。用不同的方法和手段对幅员辽阔、民族众多的大帝国实行统治，在某种程度上反映了元代对古今中外政治的兼收并蓄，并且有所发展。