西夏灭亡后，元朝在此设置“亦集乃路总管府”。公元1372年，明朝大将冯胜攻破黑城，黑城就从此废弃了。

　　西夏国都兴庆府被蒙古大军攻破之后，黑城尚未失守，其间西夏国一些重要历史文献和金银财宝被转移到黑城，并在此掩藏，从此丰富多彩的宝藏故事就开始传播开来。

　　民间传说引来了无数的盗宝者，黑城闻名于世就是因为探宝而意外发现的文物引起的。

　　1886年，俄国学者波塔宁是第一个来到黑城的现代人。他在额济纳河考察时，无意间发现了黑城遗址。他的到来揭开了一个古国文明的神秘面纱，但也给这个古国的文明带来了灾难。1908年，俄国人科兹洛夫来到黑城，买通当地王公，先后进行了3次发掘，掠夺了西夏文刊本和写本古籍数千种，征用了近百峰骆驼才得以把这些文物运走。这些文献书籍中，仅罕见的书籍就达34种。此外，还有汉文、藏文、回鹘文、突厥文、女真文、蒙古文、叙利亚文等书稿。科兹洛夫将这些典籍运回了俄国彼得堡，分别珍藏于俄国科学院亚洲博物馆和俄罗斯博物馆，轰动了全世界。科兹洛夫为了炫耀他到中国“探险”的功绩，写了本名为《蒙古、安多和故城哈拉浩特》的书，书中写道：“他赠送给探险队一大批收藏品，整整一个图书馆的书、纸卷、手稿，约有300多幅画在亚麻布，细绘料和纸上的佛像……，很有价值，体现了不同文明程度的金属铸像和木雕泥塑、画板、塔的模型和很多其他的东西。”、“在哈拉浩特遗址度过的几天中，探险队总计得到下列各种物品：书、文字。纸、金属钱币，妇女装饰、若干家庭用具和日用品，佛像之类的东西；在数量上，我们收集的考古资料装了10个普特重的邮箱。”一普特相当16公斤，也就是说，科兹洛夫第一次盗掘了160公斤重的我国西夏文物。

　　科兹洛夫在黑城的盗宝之举吸引了更多的盗宝者来到这里，以各种名义挖掘地下深埋的宝藏。从此，黑城就陷入了一轮又一轮的盗掘之中。

　　1915年，英国人奥莱罗•斯坦因率领中亚探险队以“探险”的名义来到黑城盗宝。经过了一番挖掘之后，他和他的探险队发现230册珍贵的汉文古籍和西夏文书。1923年，美国人兰登•华尔纳、雷勒斯•杰恩又在黑城进行了10天的发掘工作。1927年，瑞典人斯文•赫定带领的中德西北科学考察团在黑城掘得一部元刊本《大藏经》。1930~1931年，中德西北考察团发掘出10000多枚居延汉简，现在存于美国国会图书馆，成为镇馆之宝。

　　就这样，一座反映西夏古代文明的以及周边国家文明的巨大图书宝库被肢解了。