此后几年，宋军在孟珙率领下与蒙古军展开了惨烈的拉锯战，双方互有输赢，难分高下，至1239年，大将杜杲在庐州(今合肥)大败蒙古东路军主力，蒙古东路军伤亡惨重，被迫撤出宋境，而孟珙则进入反攻，连败蒙古军队，收复襄樊诸郡和信阳，基本解除了蒙古大军在东路对南宋的威胁，同年，主攻四川的蒙古军队势如破竹，进逼三峡，孟珙率部迎敌，至1240年初，大败西路蒙古军，取得大垭寨大捷，并收复夔州，两路围攻南宋的蒙古军队全面受挫，到1241年，蒙古大汗窝阔台病死，西路蒙古军队从四川撤离，至此，长达六年的蒙宋战争，以蒙古的失败而告终，这也是蒙古征服史上遭受的第一次重大挫折。

蒙哥对南宋的军事大包围

1241年，蒙古大汗窝阔台病死后，内部纷争汗位，大汗之位迟迟不能定，虽然后来窝阔台的儿子贵由继承了汗位，也只两年就死了，在此期间，蒙古军曾进犯过四川，但被南宋大将余阶击败，直到1251年，成吉思汗的孙子，拖雷的儿子蒙哥取得蒙古大汗之位，在他稳定了地位以后，就发动了针对西亚和中亚的第三次西征，并着手制订亡宋计划。为避开长江天堑，蒙哥的弟弟忽必烈主张，从甘肃出兵，经川西，灭亡位于云南一带的大理国，从而完成对南宋的军事大包围，这个计划最终得到大汗蒙哥的批准，1252年，忽必烈率10万大军开始了灭亡大理国的长途奔袭，至1254年，俘获大理国末代君主段兴智，大理国灭亡，蒙古完成了对南宋的军事大包围。

第二次蒙宋战争，蒙古大汗命丧

第一次蒙宋战争结束后，抗蒙名将孟珙，杜杲相继病逝，实乃南宋一大损失，而蒙古在完成了对南宋的大包围后，于1258年发动了第二次蒙宋战争，蒙古大军共分三路，中路军由蒙古大汗蒙哥亲自率领，南下四川，直扑重庆，南路军从云南出发，经广西，直扑长沙，北路军由忽必烈率领，直扑鄂州(今武汉)，三路军计划在鄂州会师，然后顺江东进，直取临安，企图一举灭亡南宋。

由大汗蒙哥率领的中路军是三路军的主力，开始的时候进展非常顺利，一举攻克了成都，此后宋军节节败退，四川大部失守，蒙军顺嘉陵江南下，妄图攻占重庆，合州位于重庆北边门户，抗蒙名将孟珙曾在这里经营过，并在合州旁的钓鱼山修筑堡垒以加强合州的防御能力，孟珙死后，其部将王坚也不敢怠慢，一直在加强防守，因此，当1259年蒙哥率领的蒙古军来到合州后，马上就遇上了挫折，此后，双方在合州展开了激烈的攻防战，相持了几个月，蒙古军一直不能前进半步，心情焦急的蒙哥亲自率兵攻城，被石炮击中，当晚死在营中，中路军士气低落，只得撤退。忽必烈率领的北路军也久攻鄂州不克，而忽必烈又急于回国抢夺汗位，正好南宋权臣贾似道背着朝廷前来议和，正中忽必烈下怀，双方签定议和协议后，忽必烈便率蒙古军撤退争汗位去了，至1260年，所有入侵南宋的蒙古军全部撤退，第二次蒙宋战争以蒙古大汗蒙哥战死，三路大军无功而返告终，但贾似道私自与忽必烈议和，为以后埋下了祸根，蒙古内乱与南宋奸臣当道。