12月——1938年5月，薛岳先后建立了黄山山脉和天目山的游击根据地，指挥第三战区各部挺进苏浙皖敌后，对京杭、沪杭等各交通线及长江航道展开游击战争，牵制了日军大量有生力量，稳定了江南战局，有力地配合了徐州会战。　　5月11日，徐州吃紧，蒋介石调薛岳出任第一战区第一兵团总司令，火速赴豫东指挥作战。　　5月14日——6月1日，薛岳指挥兰封会战，重创日军土肥原师团。　　5月30日，薛岳晋升第一战区前敌总指挥。　　6月18日，武汉会战迫在眉睫，薛岳调任第九战区第一兵团总司令，负责鄱阳湖西岸及南浔线防御。　　8月4日——11月2日，第九战区第一兵团进行南浔作战，粉碎了敌在行进间攻占南昌的企图。其间10月1日——10日，薛岳指挥部队取得了万家岭大捷，几乎全歼敌106师团。　　11月25日——28日，薛岳出席第一次南岳军事会议。　　12月初，薛岳晋任第九战区副司令长官，代司令长官职。　　1939年1月17日，薛岳兼任湖南省主席。　　3月15日——5月8日，指挥南昌会战。　　9月14日——10月7日，率部进行第一次长沙会战。　　10月28日——11月5日，出席第二次南岳军事会议。　　12月12日——1940年1月20日，组织实施第九战区冬季攻势。　　4月9日，组织20个师发起夏季攻势，至6月27日攻克奉新、靖安、西山万寿宫及高邮市等重要据点，击毙敌混成第16旅团长藤堂高英少将，有力地配合了第五、六战区同期进行的枣宜会战。在战区主力冬季攻势遭受惨重损失之后，还能取得如此战绩，实属不易。至于苏联顾问福尔根向蒋介石报告所称“宜昌沦陷系薛岳按兵不动所致”，实为不了解情况的不实之辞。　　10月——1941年3月，指导第九战区各部进行反扫荡作战，先后取得陈山船埠、九岭、奉新等战役的胜利，收复通城、武宁等县城。　　3月15日——29日，指挥上高会战。　　9月17日——10月8日，进行第二次长沙会战。　　12月24日——1942年1月10日，实施第三次长沙会战，在太平洋战场上盟军接连失利的情况下取得了长沙大捷。　　6月初——7月中旬，率58军、4军、79军等部增援赣东，参加浙赣会战。　　1943年11月——1944年1月，率99军、10军、58军、72军等部驰援常德会战。　　1944年5月27日——10月2日，率部参加长衡会战。　　衡阳失守前，有一个小插曲，不得不说一说。7月15日，白崇禧奉蒋介石之命到前线视察，在祁阳黎家坪见到了薛岳。他劝薛岳在衡阳沦陷后调第九战区主力防守湘桂线，同时蒋介石也命令薛岳把第九战区主力拉到湘西，但都被薛岳拒绝。8月衡阳外围撤退时，他把部队拉到了湘东。这件事被时任第九战区参谋长、后来起义的赵子立说成是薛岳“有意避开日军箭头，而跑到湘东去”，言下之意说薛岳怕死。这话是站不住脚的。首先，薛岳到湘东之后比以前更加困难：手下仅有已久战疲惫的八个严重缺员的军，而要对付十几万日军战胜之师，防守粤汉线和湘东赣南那么大的地方，其难度可想而知。——与到湘西去要枪有枪要人有人的情况相比，孰优孰劣，薛岳久经沙场，不会不知道。其次，撤到湘东，实际上是把自己送到了日军的包围圈里，而湘西作战若不利可退入大西南后方，其危险程度相比如何，薛岳不会衡量不出。那为什么薛岳要执意去湘东呢？这一行动的重要性，在以后的战局发展可看出。第一，薛岳将第九战区主力撤到湘东后，将99军、暂2军、44军、4军、37军等5个军留在了粤汉线以东，缓解了该区域兵力不足的窘境，为日后保卫粤汉线（南段）和赣南保存了重要力量。第二，江西是抗日反攻的一个重要基地，也是国共争夺的焦点。将第九战区主力西调就等于将江西拱手让人，也就不会有后来的赣江追击战和击溃八路军南下支队的战果了。由此看来，第九战区司令部撤向湘东这一决策是有战略远见的。