洪秀全死后不久，天京也让曾国藩的湘军攻陷了。在陷城前，传说中国国库中的大量银两，和洪秀全的尸体一样，已被秘密埋藏于天王府的地下，这个地方就是今总统府所在地（此事详见倪方六著《风水三千年》）。湘军在曾国藩弟弟曾国荃指挥下，占领天王府后，挖地三尺，不留死角，希望找到埋藏的财宝。但天王府被挖了个底朝天，也没有见到这批财宝的影子。太平天国的国库银两都弄哪了？ 图：天王府遗迹——人称“不系舟”的石舫
有学者认为，太平天国到最后国库非常空虚，埋藏财宝只是外界的猜测，太平军后期重要将领李秀成在被湘军抓捕后的口供证实，“国库无存米”，“家内无存金银”。另有一说，太平天国埋起来的宝物让曾家秘密刨走了，曾国藩的夫人由江宁（南京）返回湖南时，护送的船只有200多艘，外界猜测装载的是刨出的太平天国财宝。曾国荃后来让人把天王府烧了，据说就是为了掩自己掘宝的罪行，清朝廷曾欲弄清真相，慈禧任命马新贻为两江总督，任务之一是密查太平天国财宝的下落。但不久马新贻被人刺杀了，此事不了了之。曾氏始终不承认自己贪占了太平天国的财宝。
更多的人认为，即便天王府地下的财宝让曾氏家族刨走了，在南京城的别处，也应该还有太平天国时期埋下的宝物。民国初年，曾有民国要人雇人在南京城内四处秘寻暗查，终无所获；南京解放不久，听说天王府地下窖金，曾将西花园中的湖水放干，希望发现这批财宝，但同样失望。太平天国财宝真相，至今真相扑朔迷离，不久前还有当地媒体就此进行追踪采访。