从元朝开始，整个青藏高原成了中原王朝的一部分，与中国的其他部分结成了一个不可分割的整体。根据吐蕃地区普遍信奉喇嘛教的实际，元朝将它划归掌管全国佛教事务的机构——宣政院（至元初设置时称总制院，至元二十五年改名）管辖，并根据当地需要设分院驻理。在境内设立吐蕃等处（脱思麻），吐蕃等路（朵甘思），乌思藏、纳里、速古鲁孙等三路三个宣慰司，脱思麻司辖有今青海黄南州至四川阿坝州一带，朵甘思司辖有今青海果洛州、玉树州至四川甘孜州、西藏昌都地区，乌思藏司辖有今西藏大部分和克什米尔之地。宣慰司下分辖元帅府、总管府、万户府、千户府、宣抚司、安抚司、招讨司、万户、千户等机构。这些机构有的管理军事，有的办理民事，有的兼管军民。因此尽管元朝为了更有效地统治吐蕃，充分利用了宗教因素，对吐蕃地区实行不同于汉族地区的政策，但同样建立了一整套行政和军事机构，行使着完全的主权。

除了今新疆地区的较大变动外，元朝的疆域是稳定的：在北方，西起今额尔齐斯河，东至鄂霍次克海。在东部，拥有朝鲜半岛东北部。在西南，包括今克什米尔地区以及喜马拉雅山南麓的不丹、锡金等地，今缅甸东北部和泰国北部。

与汉、唐极盛时期的疆域相比，元朝不仅在面积上大大超过了它们，而且在控制程度上也有过之而无不及。除了吐蕃地区和今新疆东部三个直属于朝廷的单位（别失八里、哈剌火州、哈密力）以外，元朝在全国都设置了行中书省（简称行省），其中包括汉唐时从未设置过正式行政区的蒙古高原以北和辽河下游以北地区。

对周围的邻国，元朝都曾进行过军事征服，有的还设置过行政机构。但元朝的统治能维持的时间都不长，而且这些国家仍然是独立的，所以还不属于元朝的疆域。如元朝对安南（今越南）用兵三次，一度占领了安南，并派了达鲁花赤（地方行政长官）去监督行政，但在安南的激烈反抗下，最后不得不撤出。元朝在缅甸设置过缅中行省，存在的时间也很短。至元二十二年（公元1285年）在高丽设征东行省，但该省的长官（丞相）就是高丽国王，而且对高丽国内仍称国王，所以高丽实际上只是元朝的属国。