由于诸臣在“平吴”与“立嗣”议题上发生争执，使得党派形成。羊祜与张华支持伐吴，认为必克；但司马氏宠臣贾充、荀勋及冯紞反对，所以拖延数年。等到平吴后，贾充惭恨失计，于是怨恨张华。在立嗣上诸臣争执更剧。当时太子为司马衷，昏庸无能。武帝之弟齐王司马攸较仁孝慧敏。大臣卫瓘、和峤主张废衷立攸，但遭荀顗、荀勋及冯紞极力反对。最终晋武帝仍然不能舍子立弟，并遣返齐王攸回其封国，齐王攸最后愤怨而死。西晋立国后，晋武帝分封诸王，于277年遣诸王就国，其中一些王都督诸州军事。如汝南王亮督豫州、楚王玮督扬州。统一之后，为了避免东汉末期诸州割据再度发生，裁撤州郡守兵。武帝分封诸王与去州郡兵是为了避免权臣专政及地方割据，但却使得地方宗室权力有逐渐凌驾中央的趋势。当时边境的胡族迁入中原，对晋帝国呈现半包围形势。这些胡族时时受汉官欺压或受汉人歧视，因此心生不满。270年河西鲜卑秃发树机能叛乱，匈奴刘猛也叛而出关，直至279年方平定。其后郭钦、江统等人相继以徙戎论，劝武帝用武力将内迁的外族强制徙迁回原住地，但武帝不用。使得当朝廷元气大伤后，周边胡族发生五胡乱华。

晋武帝天资平平，十分好色，于273年禁止全国婚姻，以便挑选宫女；灭吴之后又将孙皓后宫的五千名宫女纳入，使得当时后宫具有万人规模。他继承先帝基业而称帝，本非雄略之才，他未能解决政风奢持和贪污、党派乱起、宗室权力扩张与外族内迁问题，种下日后八王之乱与永嘉之祸的远因。

贾后干政与八王之乱

290年晋武帝去世，晋惠帝继位，外戚杨骏辅政。惠帝昏庸无能，史载他游于华林园闻虾蟆声，谓左右曰：“此鸣者为官乎？私乎？”及天下慌乱，百姓饿死，他竟说：“何不食肉糜？”。皇后贾南风野心勃勃，趁机干政。当时杨骏擅权，与贾后对立，汝南王司马亮怕杨骏要害他，逃亡许昌。杨骏为了巩固自身势力，任命其亲信掌管禁军，此举使宗室诸王与某些大臣不满。291年贾后借由楚王司马玮除去杨骏及其势力，任命汝南王亮与卫瓘掌政。不久贾后利用楚王玮与汝南王亮不合去除汝南王亮及卫瓘，再以伪诏杀楚王玮，任命张华、裴頠及贾模等人掌政。至此贾后夺权成功。所幸张华等人同心协力，尽忠职守，政局得以稳固。294年匈奴郝散叛，不久平定。296年其弟刘度元以齐万年为首，联合西北马兰羌、卢水胡叛变，晋军大败，周处阵亡。299年齐万年之乱平定。江统建议将胡族迁离，但晋室无力。

由于太子司马遹非贾后亲生，贾后意图废除。300年太子被贾后诬蔑谋反，被废。赵王司马伦采孙秀计，挑拨贾后杀掉太子。而后赵王伦联合齐王司马冏以替太子报仇为由发兵去除贾后及其党羽，赵王伦专政。于301年，赵王伦自立为帝，改元建始，惠帝退位为太上皇。三月，齐王冏、河间王司马颙、成都王司马颖三王联合常山王司马乂(后封长沙王)伐赵王伦。五月去除赵王伦及其党羽，惠帝复位，齐王冏专政。302年成都王颖及河间王颙派军讨伐齐王冏，长沙王乂于京城洛阳响应。最后齐王冏及其党羽被除，长沙王乂掌政，成都王颖于邺遥控。