建安三年(198年)，曹操征讨吕布。吕布败退固守下邳(今江苏睢宁西北)。曹军久攻不克，将士疲惫，曹操想罢兵撤退。郭嘉与荀攸指出：“吕布勇而无谋，今三战皆北，其锐气衰矣。三军以将为主，主衰则军无奋意。夫陈宫有智而迟，今及布气之未复，宫谋之未定，进急攻之，布可拔也”(《三国志·魏书·荀攸传》)。曹操点头称是，于是，曹军乃引沂水、泗水灌城。经月余，吕布更加困迫。十二月，吕布部将侯成、宋宪、魏续等叛变，引曹军攻入下邳，吕布被围在白门楼，被迫投降。曹操下令诛杀吕布、陈宫、高顺等，传首许都，凯旋班师。此役，曹操歼灭了劲敌吕布，为扫灭袁绍等割据势力，完成统一北方大业，创造了有利条件。
　　 建安四年(199年)，曹操奉迎汉献帝迁都许昌(今河南许昌东)后，独掌军政大权，总揽朝政，皇帝成为傀儡。车骑将军董承接受皇帝衣带诏，与刘备及长水校尉种辑、将军吴子兰、王子服等，密谋除掉曹操。刘备恐曹操猜忌，欲伺机脱离曹操控制，趁右将军袁术溃败，主动请求跟大将朱灵前去截击。郭嘉、程昱、董昭等闻后，都说：“备不可遣也”(《三国志·魏书·郭嘉传》)！曹操后悔，立即派人去追，已然不及。后袁术南逃寿春(今安徽寿县)，朱灵班师回朝。十二月，刘备乘曹操部署对袁绍作战之时，袭斩徐州(治下邳，今江苏睢宁西北)刺史车胄，又击败曹操派去讨伐的司马长史刘岱军，据有徐州、下邳(今江苏睢宁西北)等地，背叛曹操，响应袁绍。
　　 建安五年(200年)正月，车骑将军董承等企图刺杀曹操的计划泄露，董承、王子服、种辑皆被屠灭三族，唯参与密谋的刘备侥幸逃脱，且势力越来越大。曹操欲亲自征讨刘备，部将们担心袁绍从背后攻击，都进言说：“与公争天下者，袁绍也，今绍方来而弃之东，绍乘人后，若何？”曹操则说：“刘备，人杰也，今不击，必为后患。”郭嘉也认为：“绍性迟而多疑，来必不速。备新起，众心未附，急击之，必败”(《资治通鉴·卷第六十三》)。曹操为剪除后患，遂亲率大军东征刘备。冀州别驾田丰劝说袁绍，乘机袭击曹操后方，袁绍却以幼子重病为由不肯出兵。刘备惊悉曹操军将至，亲率数十骑出城观察，果然望见曹军旌旗，只得仓猝应战，被曹军击溃，刘备妻子被俘。曹操接着攻陷下邳，迫降刘备部将关羽，又进击依附刘备的昌稀等，将其击破。刘备逃到邺城(今河北临漳西南)投奔袁绍，逐渐收集溃散的残兵败将，成为袁绍大举攻曹的力量。此战，曹操迅速击溃刘备，避免了在官渡之战中两面作战的局面。