【公元227年】蜀后主建兴五年诸葛亮北伐汉中，请费祎为参军。以奉使称旨，常出使东吴。
　　 【公元230年】蜀后主建兴八年费祎转为中护军，后又为司马。当时军师魏延与长史杨仪互相憎恶对方，每次并坐皆争论，魏延常举刀刃指向杨仪作威吓，杨仪则泣涕横集。费祎常介入二人坐间，为他们谏喻分别，以释其意，因此诸葛亮在世之时，可以各尽魏延、杨仪之所用者，全赖费祎从中匡救之力。
　　 【公元234年】蜀后主建兴十二年秋，诸葛亮病故，密与费祎、长史杨仪、护军姜维等安排身殁之后退军的节度，令魏延断后，姜维次之；若魏延或不从命，军便自发。亮死后，军中秘不发丧，杨仪便使费祎往揣魏延之意。魏延道：“丞相虽亡，我自见在。府亲官属便可将丧还都入葬，我自当率领诸军击贼，岂何以一人之死而废天下之事呢？而且我魏延是甚么人，会为杨仪所部勒，作断后将吗！”便与费祎共作行留部分，令费祎与他手书连名，告下诸将。费祎知其不妙，便讹道：“我当为君回去劝解杨长史，长史是文吏，甚少管知军事，他必不违命。”于是出门驰马而去，魏延寻悔，但已追之不及了。
　　 【公元235–236年】蜀后主建兴十二至十三年诸葛亮死后，费祎为后军师。初时，杨仪为先主刘备的尚书，而蒋琬为尚书郎，后来虽然俱为丞相参军长史，然而杨仪每次从行，都身当军中的劳事剧务，又自以年宦先于琬，才能亦逾于琬，于是怨愤形于声色，叹咤之音发于五内。当时人们畏其言语不节制，莫敢相从，惟有后军师费祎前往加以慰省。杨仪常对费祎诉恨，前后云云数遍，又向费祎道：“往者丞相亡没之际，我若举军以降魏，处世会当落得如此境地吗！这实在令人追悔不可复及。”费祎乃密表其言于上。十三年，杨仪被废为庶民，徙汉嘉郡。杨仪至徙所，又上书诽谤，辞指激切，朝廷于下郡收押杨仪。结果杨仪自杀，其妻子还蜀。
　　 不久，费祎代蒋琬为尚书令。费祎别传曰：于时举国多事，公务烦猥，而费祎识悟过人，每次省读书记，举目稍视，已能究知其意旨，其速度数倍于人，而且过目不忘。费祎常于早上听知政事，其间接纳宾客，饮食嬉戏，加之博弈，每每能够尽宾客之欢，而不废自身大事。后来董允代费祎为尚书令，欲效法费祎之所行，但在旬日之中，事情多所愆滞。董允不得不叹道：“人的才力竟可相去若此之远，此实非我之所能及啊！我听事终日，却犹觉没有余暇可处。”
　　 【公元241年】蜀后主延熙四年冬十月，费祎至汉中与蒋琬谘论事计，岁尽而还。
　　 【公元243年】蜀后主延熙六年冬十月，大司马蒋琬自汉中还涪。十一月，费祎迁大将军，录尚书事。
　　 【公元244年】蜀后主延熙七年春闰月，魏大将军曹爽、夏侯玄等兵向汉中，镇北大将军王平拒守兴势之围。费祎便留镇南大将军马忠于成都，平尚书事，自己则督诸军往兴势赴救，率众御魏。光禄大夫来敏至费住所祎许别，求共对围棋。其时军中筹备严驾，纷纷营营，而费祎与来敏留意对戏，面无厌倦之色。来敏便道：“我只是聊观试君而已！君信可人，必能对付贼者。”费祎至兴势，果然立退敌军，封成乡侯。秋九月，还成都。
　　 后来司马懿之诛曹爽，费祎曾设《甲乙论》评其是非。论曰：“甲以为曹爽兄弟凡品庸人，苟以宗子枝属，得蒙顾命之任，而骄奢僭逸，交非其人，私树朋党，谋以乱国。懿奋诛讨，一朝殄尽，此所以称其任，副士民之望也。乙以为懿感曹仲付己不一，岂爽与相干？事势不专，以此阴成疵瑕。初无忠告侃尔之训，一朝屠戮，搀其不意，岂大人经国笃本之事乎！若爽信有谋主之心，大逆已构，而发兵之日，更以芳委爽兄弟。懿父子从后闭门举兵，蹙而向芳，必无悉宁，忠臣为君深虑之谓乎？以此推之，爽无大恶明矣。若懿以爽奢僭，废之刑之可也，灭其尺口，被以不义，绝子丹血食，及何晏子魏之亲甥，亦与同戮，为僭滥不当矣。”（《祎本传》引《殷基通语》）