献帝初平二年（191年），当酸枣等地的讨卓联军已经离散的时候，曹操还带着千余人的部队在河内寄居，没有固定地盘。这时，黑山（今河南浚县西北太行山区）起义军于毒、白绕、眭固等部十余万人攻入东郡，东郡太守王肱不能抵挡，曹操乃引兵进入东郡，在濮阳打败了白绕农民军，袁绍因表操为东郡太守，操以东武阳为郡城（今山东莘县南）。

献帝初平三年（192年）春，于毒等农民军趁曹操引军去顿丘的时候，进攻东武阳。曹操闻知，并不回军援救东武阳，而西入山攻农民军本屯，操手下诸将认为应先还救东武阳，操曰：“使贼闻我西而还，武阳自解也；不还，我能败其本屯，虏不能拔武阳必矣。”于是继续西行。

果然，农民军听说本屯被攻，立即舍弃东武阳而归，途中遭到曹操阻击而致大败。曹操又在内黄（今河南内黄西北）打败了於夫罗的军队，于是东郡得以确保。

当年夏，青州黄巾号称百万，进入兗州，杀死刺史刘岱。济北相鲍信等迎接曹操领兗州牧。操进兵击黄巾军于寿张（今山东东乎南）东，黄巾军奋勇抵抗，操初战失败，鲍信战死。后操屡设诡计，黄巾军受挫撤退，操追至济北（今山东长清县），黄巾军被迫投降。《三国志》卷1《武帝纪》载：操“受降卒三十余万，男女百余万口，收其精锐者，号为青州兵”。以上几句记述，常为史家所引用，故应予以探讨。据《后汉书》卷74《袁绍传》载，建安元年（196年）袁绍给献帝上书有云：“黄巾十万，焚烧青、兗”，袁绍这里所说的黄巾显然即指以上自青入兗的黄巾，然而人数之差距却为十万比百万，究竟哪个说法接近事实呢？我以为“青州黄巾众百万”的数字是太夸大了，由于史料出自官方，对交战双方人数，常把多者说得过多，少者说得过少。如《武帝纪》注引《魏书》就把同青州军作战的操军说得过少，说操只“将步骑千余人”；还说其中旧兵少，新兵不习练；又说黄巾兵皆精悍，如此说来，青州黄巾人数既居于几百倍的压倒优势，且兵又皆精悍，操纵善于用兵，宁能“数开示降路，遂设奇伏，昼夜会战，战辄禽获”。据《三国志》卷11《国渊传》所说“破贼文书旧以一为十”的惯例，以上“黄巾众百万”的数字至少有十倍的夸大。仅从《武帝纪》就不难看到一些令人不敢置信的数字，如载同时俱起兵讨伐董卓的袁术及其他三个州六个郡长官，“众各数万”。在当时人民死伤离散的战乱情况下，六个郡国的兵力竟各达数万之多，是不合情实的。又如“诸书皆云操在宫渡战役坑杀袁绍士众八万或七万”。裴松之以为“非其实录”。我们看书，应具体观察各种情况，不可根据片言只句，盲目相信书中数字。我以为青州黄巾军的人数应以袁绍所说“十万”为近是。至于操从青州黄巾中所挑选出来的所谓“精锐”者，在操军中究起多大作用？我以为也不能估计过高。当兴平元年（194年），吕布与操战于濮阳时，布“先以骑犯青州兵，青州兵奔”，致使操军阵乱，操本人几被活捉，说明青州兵是操军中的薄弱环节。据《三国志》卷17《于禁传》记述：当操军在宛受到降而复叛的张绣的突然袭击而致溃败时，青州兵乘乱劫人，被于禁加以制止。当官渡战役时，于禁只带领二千人“守延津以拒绍”。于禁为操手下五良将之一，所将士卒犹如此之少，青州兵自然不会更多，假若青州兵多于于禁所部，当青州兵在宛劫人时，于禁就不能那样轻而易举地“讨之，数之以罪”了。当然，曹操吸收一些青州黄巾加入其军队，无疑会使其军事力量有所增强，但并不能改变曹操军事集团为地主武装的事实。根据史书记载，操在起兵初期，除了其同族兄弟曹洪、曹仁、曹邵等领有家兵以外，其他地主武装，如谯县的许褚、中牟的任峻、钜野的李典、任城的吕虏等，都率领宗族、部曲数千或数百家参加。所以说曹操的军队还是以地主武装为骨干的。