孙中山对科举制度的废除也有独到的见解。沿用一千多年的科举制度是在1905年废除的。当时,废除科举的主要理由是“科举一日不废,即学校一日不能大兴”。对于科举制度废除的原因,目前学术界也有不同的看法。孙中山当时就说“往年罢废科举,未免因噎废食,其实考试之法极良,不过当日考试之材料不良也。”他还说:中国历代考试制度不但合乎平民政治,且超过现代的民主政治,“虽所试科目不合时用,制度则昭若日月。”这也就是说,废除科举制度,并不是说考试制度本身一无是处,考试制度是好的,只不过考试的内容不好。他主张剔除封建主义的考试内容,用资产阶级民主共和的精神和近代人文社会科学和自然科学、技术作为考试的内容,是难能可贵的。
孙中山对我国人才选拔制度的贡献之二,是提出了以考试权独立为核心的文官考试的思想。这一思想的来源,不仅是深受我国科举考试制度的启发,也是对西方文官考试制度的借鉴。他认为西方文官考试制度优胜于其选举制和委任制,并说:“美国官吏有由选举得来的,有由委任得来的。从前本无考试制度,所以无论是选举、是委任,皆有很大的流弊。”中国考试制度西传后,美国的“政治方有起色”。但是考试只“用于下级官吏,并且考选之权在行政部之下,虽少有补救,也是不完全的。”“余游欧美,深究其政治、法律之得失,知选举之弊,决不可无以救之。而中国相传考试之制,纠察之制,实有其精义,足以救欧美法律、政治之穷,故主张以考试、纠察二权,与立法、司法、行政之权并立,合为五权宪法”。他还强调:欧美也有人觉得“三权分立”有弊端,主张加上弹劾权和考试权,“可见五权分立之主张,非予个人之私见矣”。