从早晨到中午，嘉靖帝多次派人劝说大臣们不要再闹，没人理他。明世宗终于大怒暴怒加狂怒，命令锦衣卫逮捕带头的丰熙、张翀、余翱、余宽、黄待显、陶滋、相世芳、毋德纯八人，一律扔进监狱。杨慎、王元正于是摇晃着大门大哭，群臣们一齐哭号，振荡宫殿，全北京城都轰动了。明世宗愈怒，索性一不做，二不休，命记录所有这些大臣的姓名，抓住马理等一百三十四人。只有大学士毛纪、石珤，尚书金献民，侍郎何孟春等，命令退下等待处理。然后流放带头的八人，四品官以上夺俸，五品官以下廷杖，编修王相等十六人，因杖受伤，先后毕命。

大礼仪事件终于告一段落，嘉靖皇帝借用暴力手段才压服了群臣。但嘉靖皇帝和文官集团的裂痕，永久种下了。

嘉靖皇帝自从大礼仪事件后，对文官集团始终抱有不信任的态度，加上自己对道教的兴趣越来越大。于是在嘉靖年间的中后期，明世宗不再上朝，他将日常行政事务全部交给自己信任的大臣（夏言、严嵩、徐阶），但自己仍然牢固掌握着军国大事的最后决定权。

不过明世宗迷信道教却意外地为中华民族增添了新的光荣，因为明世宗道士掌管了太医院，一位刚进太医院不久的医生愤而辞职，云游四海去写他的医学著作，这个医生就是李时珍。他在世界医学领域和生物学领域内的地位，比起和他同时代的韩国‘大长今’也高不了多少，也就千儿八百倍吧。

但世宗并没有在求仙炼丹中平静的过完一生。在其晚年，一个默默无闻的户部主事海瑞向嘉靖皇帝递上了在中国历史上赫赫有名的奏疏。奏疏中指出，他是一个虚荣、残忍、自私、多疑和愚蠢的君主，举凡官吏贪污、役重税多、宫廷的无限浪费和各地的资匪浅炽，皇帝本人都应该直接负责。皇帝陛下天天和方士混在一起，但上天毕竟不会说话，长生也不可求致，这些迷信统统不过是“捉风捕影”。普天下的官员百姓，很久以来就认为你是不正确的了。

这样的奏疏确乎是史无前例的。往常臣下向皇帝作净谏，只是批评一种或几种政策或措施，这种指斥皇帝的性格和否定他所做的一切，等于说他这几十年的天子生涯完全是尸位素餐，而且连为人夫及人父的责任也没有尽到，其唐突之处，真的是古今罕有。 任何一个专制君主都不会容忍这样的攻击，上疏者的下场不难预料，采用那种酷刑和牵连多少人君主完全可以自由决定。海瑞事先预料了自己的下场，平静的和家人诀别。

嘉靖皇帝读罢奏疏，自然怒火万丈。立刻把奏折往地上一摔，高叫:“抓住这个人，不要让他跑了！”旁边的宦官黄锦连忙跪奏:“万岁不必动怒。这个人向来就有痴名，听说他已自知必死无疑，所以他在递上奏本以前就买好一口棺材，召集家人诀别，仆从已经吓得统统逃散。这个人是不会逃跑的”。嘉靖皇帝听完后长叹一声，又从地上捡起奏本一读再读。

嘉靖皇帝暂时没有给予海瑞任何惩罚，但是把奏章留中不发。他的情绪显得很矛盾，有时把海瑞比做商朝忠臣比干，但自己不是纣王；有时又痛骂他为“那个咒骂我的畜牲”。他责打官女，宫女就会在背后偷偷地说:“他自己给海瑞骂了，就找咱们出气！”