崇祯二年(1629)五月，因为初一日的日蚀时刻不验，侍郎徐光启奏准选刻《永乐大典》中日蚀一类。这是该书在明代唯一的刊刻记载。明末文渊阁被焚，《永乐大典》正本可能在这时毁于大火。清雍正时，副本由皇史□移藏于翰林院，翰林学士得以借阅。乾隆元年(1736)，该年进士全祖望被分至庶常馆进习，他从中抄出《宋元图经》等海内孤本若干种，并撰《钞永乐大典记》以纪述其事。乾隆三十八年,清政府纂修《四库全书》时,《永乐大典》已散佚两千余卷，但仍然从中辑出佚书五百余种。此后该书又陆续散佚，咸丰十年(1860)英法联军和光绪二十六年(1900)八国联军入侵北京，《永乐大典》遭浩劫，部分被烧毁，部分被抢走，余者寥寥无几。《永乐大典》中华人民共和国成立后，对该书加以多方搜集整理。到1959年为止已收集到《永乐大典》原本两百一十五册，加上复制副本等，共得七百三十卷。1960年由中华书局影印出版,共装订成两百二十册,书前有郭沫若序。1977年台北世界书局又加印行。后又在国内外征集到六十三卷。1986年中华书局将已征集到的现存的《永乐大典》近八百卷，缩印精装出版。