同年，雍熙北伐失利。赵普上《谏雍熙北伐》奏疏，颇得太宗嘉赏。后来，元僖也上疏论及伐辽之事，为太宗采纳。太宗、元僖和赵普在处理对辽事宜方面有了很多的共识。元僖见太宗优待赵普，便与赵普交好，更是上疏建议太宗重新任用赵普为相。端拱元年（988），赵普第三次为相，威权一时又振。竭力支持和拉拢赵普的陈王元僖也晋封许王，更加巩固了皇储地位。赵普罢相后，元僖又与另一位宰相吕蒙正关系密切。　
　　 然而，事不如人愿。淳化三年（992）十一月，元僖早朝回府，便觉得身体不适，不久便去世了。太宗极为悲伤，罢朝五日，赠皇太子，并写下《思亡子诗》。元僖之死，据传是其侍妾张氏下毒所致。元僖不喜正妻李氏，宠爱张氏。张氏欲下毒毒杀李夫人，但误毒死元僖。张氏恃宠骄横，对奴婢稍不如意即予以重罚，甚至有棰死者，但元僖并不知情。张氏又逾越制度葬其父母。太宗后来探知其事，大怒，遣使按问。张氏自缢身亡，左右亲吏都被处罚，其父母坟墓亦被毁去。太宗又下诏停止元僖的追赠仪式，降低其葬礼的规格。元僖本得太宗喜爱，又与宰相交好，朝中还有不少大臣建议立他为太子，本是春风得意之时，却死于非命，而死后又被太宗所厌，实是可叹。
　　 元佐被废，元僖暴死，储位空缺，冯拯等人上疏请早立太子。这是个敏感问题，太宗正为此心烦，便将冯拯等人贬到岭南。自此以后没有人敢议论继承问题。不过，太宗本人被箭伤所扰，也知该早立储君，便就此私下询问寇准。在寇准的支持下，襄王元侃被立为太子，改名恒。
　　 太宗册立太子，大赦天下，京师之人见到太子都欢呼道：“真社稷之主也！”太宗得知后很不高兴，马上召寇准说：“四海心属太子，欲置我何地也？”皇帝尚在世，太子如此深得人心，自然为皇帝所忌，有哪个皇帝不想权力为自己所操控呢？况且早在安史之乱中，太子李亨遥拜唐玄宗为太上皇而自立为帝，尤其是五代以来，子侄逼宫之事更是史不绝书，因此，太宗心中自然不痛快。幸得寇准说：“陛下择所以付神器者，顾得社稷之主，乃万世之福也。”太宗听后才消气，请寇准喝酒，大醉方罢。
　　 随着病情加重，太宗又开始设法保住太子皇位。在此情况下，大臣吕端被推到了风浪之颠。吕端为相时已61岁，担任宰相前，他在地方和中央都做过官。吕端为人稳重、镇静，又信奉黄老思想，这与太宗晚年所持清静无为的政治信仰相符合，因此，吕端颇得太宗赏识。据说在重用吕端之前，太宗曾写过《钓鱼诗》，诗云：“欲饵金钩深未达，磻溪须问钓鱼人。”这是太宗以周文王自诩，而将吕端比做姜太公。当时，曾有人反对用吕端为相，说他为人糊涂，太宗说：“吕端小事糊涂，大事不糊涂。”吕端果然不负所托。至道三年（997）三月，太宗驾崩，李皇后与宦官王继恩等人企图撇开太子赵恒，另立元佐为帝，幸得吕端处置得当，才得以保证赵恒登基为帝，便是后来的宋真宗。太宗的去世，标志着宋朝开创局面的结束，守成时代的到来。