高太后和元祐大臣们所做的一切，对于哲宗来说，负面影响非常大。哲宗早慧，八九岁时便能背诵7卷《论语》，字也写得很漂亮，颇得父亲神宗的喜爱。元丰七年三月，神宗在宫中宴请群臣，时年9岁的赵佣随同。赵佣虽然是第一次经历这样的场面，但却表现得极为得体，得到父亲的夸赞。哲宗即位后，辽朝派使者来参加神宗的吊唁活动，宰相蔡确因两国服饰不同，怕年幼的哲宗害怕，便反复给哲宗讲契丹人的衣着礼仪。哲宗先是沉默不语，待蔡确絮絮叨叨讲完，忽然正色问道：“辽朝使者是人吗？”蔡确一愣：“当然是人，但是夷狄。”哲宗道：“既是人，怕他做甚？”言辞极锋锐，蔡确无言以对，惶恐退下。
　　 少年老成的哲宗面对不将自己放在眼中的高太后和元祐大臣，也会用他自己的方式表示反抗。每次大臣向哲宗和高太后奏报时，哲宗都沉默不语。有次高太后问哲宗为何不表达自己的看法，哲宗回道：“娘娘已处分，还要我说什么？”弦外之音就是自己无非是一个摆设而已。哲宗常使用一个旧桌子，高太后令人换掉，但哲宗又派人搬了回来。高太后问为何，哲宗答：“是爹爹（神宗）用过的。”高太后心中大惊，知道他将来必会对自己的措施不满。大臣刘挚曾上疏，让高太后教导哲宗如何分辨君子和小人。高太后说：“我常与孙子说这些，但他并不以为然。”高太后由此愈加担心，当然更不敢放下权力。
　　 元祐八年九月，高太后去世，哲宗改元绍圣，大力打击元祐大臣，甚至在章惇等人挑拨下，直指高太后“老奸擅国”，欲追废其太后称号及待遇。也许在最初，哲宗对父亲神宗的理解只是出于崇敬，但元祐时期被冷落和忽视的经历加剧了他对元祐政治的不满，便极力推崇神宗。可见，在哲宗的政治抱负中，有着浓厚的个人感情因素，使得他的人生多了些悲剧色彩，也使得朝野上下的分野益发清晰。
　　 政治漩涡中的新旧党
　　 哲宗朝，无论是元祐时期，还是哲宗亲政后，最活跃的似乎都是朝中的大臣们。由于变法与反变法矛盾的延续以及哲宗与高太后的冲突，使得当时支持变法的大臣（新党）与反对变法的大臣（旧党）都无可避免地卷入激烈的党争，成为其中的主角，也就演出一幕幕令人叹息的悲剧。
　　 在高太后垂帘的8年中，旧党不仅控制了整个朝廷，对新党的打击和倾轧也始终如一，从未放松过。旧党刘挚、王岩叟、朱光庭等人甚至竭力搜寻新党章惇、蔡确的传闻轶事，任意加以穿凿附会，对其进行诋毁，其中最典型的便是车盖亭诗案。
　　 蔡确，字持正，泉州晋江人。神宗变法时，王安石见蔡确颇有些才能，便推荐他做三班院主簿。但蔡确长于见风使舵和阴谋诡计，当他见到神宗有疏远王安石之意时，竟不顾知遇之恩，上书参劾王安石。蔡确为了谋取高官，制造了多起冤狱。他自知制诰升至御史中丞、参知政事，均靠制造冤狱夺别人官位后得到。很多大臣都看不起他，而蔡确却自以为本事了得。神宗病危时，蔡确与邢恕欲立神宗同母弟雍王颢和曹王頵不成，反过来诬陷高太后和王珪有废哲宗之意，自谓有策立功。
　　 高太后垂帘后，新党势力被排挤，蔡确也被贬出朝廷。元祐元年，蔡确罢相，出知陈州。次年，蔡确再贬安州。在安州游车盖亭时，蔡确写下了《夏日游车盖亭》十首绝句，诗被与蔡确有过节的吴处厚所得。吴处厚曾在蔡确手下为官，希望他推荐自己，但被蔡确拒绝了，由此怨恨不已。终于，吴处厚等来了报复的机会，他将蔡确的诗上呈朝廷，说其中“内五篇皆涉讥讪，而二篇讥讪尤甚，上及君亲”。诗中有“矫矫名臣郝甑山，忠言直节上元间”之句。郝甑山，安州人，唐高宗时的忠直之士。唐高宗曾想让位给皇后武则天，郝甑山上奏反对。吴处厚曲解诗意，说此处是将高太后比做武则天。而旧党梁焘、朱光庭和刘安世等人立即加以发挥，肆意攻击，并以“邢恕极论蔡确有策立（哲宗）功，真社稷臣”的言论相弹劾，高太后怒不可遏，将蔡确贬到新州。吕大防和刘挚曾以蔡确母亲年老，岭南路远，主张改迁他处，高太后却说：“山可移，此州不可移。”在当时，被贬往岭南，实际上如同被判了死刑。苏轼曾有诗云：“问翁大庾岭头住，曾见南迁几个回？”这是当时岭南实际情况的真实写照。蔡确被贬时，范纯仁对吕大防说：“岭南之路长满荆棘七八十年矣，今日重开，日后我们难免有此下场。”他还请哲宗向高太后求情，但哲宗依旧以沉默相抗议。哲宗亲政后便把大批元祐大臣贬至岭南，印证了范纯仁当日的忧虑。