这年三月，在大臣们前来觐见时，高太后当众夸赞皇子赵佣性格稳重，聪明伶俐，自神宗病后便一直手抄佛经，为神宗祈福，颇是孝顺，还将赵佣所抄佛经传给大臣们看。大臣们齐声称贺，高太后立即命人抱出赵佣，宣读神宗诏书，立赵佣为皇太子，改名赵煦，皇储之争总算平静下来。数日后，神宗去世，皇太子赵煦即位，改元元祐。从此，太皇太后高氏垂帘听政，掌握大权达8年之久。
　　 高太后被后人誉为“女中尧舜”，但她在政治上却极为盲目和固执。神宗时代，高太后就是变法的主要反对者之一，她曾与仁宗曹皇后一起在神宗面前哭诉王安石新法败坏祖宗家法，害苦天下百姓。高太后垂帘后的第一件事就是召回反对变法最坚决的司马光。司马光在神宗变法时隐居洛阳达15年之久，百姓都知道他日后可能复出，称他为“司马相公”，而许多赋闲在家的反变法官员也很钦佩他，这些人是司马光执政后更化的主要力量。司马光被召回朝廷后，立即打出“以母改子”的旗号（以神宗母高太后的名义来变更神宗朝的政治措施），全面废除新法，史称“元祐更化”。司马光废除新法之彻底，不能不说他带进了自己10多年政治上郁郁不得志的个人情绪的影响。然而，高太后却不仅一味信任司马光，委以重任，还在司马光死后，将其反对变法的措施执行到底，并起用大批反对派官员如文彦博、吕公著、范纯仁和吕大防等人，又将支持变法的官员吕惠卿、章惇和蔡确等人逐出朝廷，从而激化了统治集团内部的斗争。
　　 高太后在哲宗即位时，一再表示她性本好静，垂帘听政是出于无奈，但她却丝毫不放松手中的权力。在高太后垂帘时期，军国大事都由她与几位大臣处理，年少的哲宗对朝政几乎没有发言权。大臣们也以为哲宗年幼，凡事都取决于高太后。朝堂上，哲宗的御座与高太后座位相对，大臣们向来是向太后奏事，背朝哲宗，也不转身向哲宗禀报，以致哲宗亲政后在谈及垂帘时说，他只能看朝中官员的臀部和背部。到了哲宗17岁时，高太后本应该还政，但她却仍然积极地听政。而此时，众大臣依然有事先奏太后，有宣谕必听太后之言，也不劝太后撤帘。高太后和大臣们的这种态度惹恼了哲宗，哲宗心中很是怨恨他们，这也是哲宗亲政后大力贬斥元祐大臣的一个原因。
　　 尽管高太后和大臣在垂帘时没有考虑哲宗的感受，但他们并不放松对哲宗的教育。高太后任吕公著、范纯仁、苏轼和范祖禹等人担任哲宗的侍读大臣，想通过教育使哲宗成为一个恪守祖宗法度、通晓经义的皇帝，尤其是让哲宗仰慕仁宗，而不是锐意进取的宋神宗，因为仁宗创下了为士大夫津津乐道的清平盛世。
　　 此外，高太后在生活上对哲宗的管教也很严格。为避免哲宗耽于女色，高太后派了20个年长的宫嫔照顾他的起居，又常令哲宗晚上在自己榻前阁楼中就寝，相当于限制了他自由活动的空间。但元祐四年（1089）十二月，民间却传出宫中寻找乳母之事。大臣刘安世得知后大惊，哲宗此时才14岁，后宫竟然寻找乳母，是否是皇帝沉溺声色？刘安世上奏章，告诫哲宗自重。另一大臣范祖禹直接上疏高太后，言辞极为激烈。高太后对外解释说，是神宗遗留下的几个小公主年幼，需要乳母照顾，但私下却将哲宗身边的宫女一一唤去审问。哲宗后来回忆说那些宫女们个个红肿着眼，脸色惨白，他心里很害怕，后来才知道是刘、范暗中告了状，而自己却浑然不知。高太后的这些做法虽然目的是为了照顾和保护哲宗，但却使得哲宗感到窒息，无形中增强了他的逆反心理。
　　 更让哲宗难以接受的是，高太后对待其生母朱德妃也过于严格，甚至是苛刻。或许是她有着某种隐忧，担心哲宗母子联合起来，威胁到自己的地位。朱德妃出身寒微，幼时遭遇极坎坷，其生父早逝，她随母亲改嫁后，却为继父不喜，只得在亲戚家长大。朱德妃入宫后，初为神宗侍女，后来生了哲宗、蔡王赵似和徐国长公主，直到元丰七年才封为德妃。朱德妃温柔恭顺，对高太后和神宗向皇后一向都毕恭毕敬。元丰八年十一月，朱德妃护送神宗的灵柩（ｊｉù）前往永裕陵，途经永安。当时，大臣韩绛任河南知府，亲自往永安迎接灵柩。朱德妃走在后面，韩绛也去迎接。高太后知道了此事，竟勃然大怒：“韩某乃先朝大臣，你怎能受他的大礼？”吓得朱德妃淌着眼泪谢罪。哲宗即位后，向皇后被尊为皇太后，朱德妃却不能母以子贵，只被尊为太妃，也没有受到应有的待遇。在如何对待朱太妃问题上，朝廷中曾有不少意见。有人想趁机拍高太后马屁，欲降低皇帝生母的等级，以凸显垂帘的太皇太后。有人想着将来终究是哲宗掌权，主张尊崇朱太妃，以显示天子的孝道。但高太后却另有打算，想压制一下朱太妃，直到元祐三年秋天，才允许朱太妃的舆盖、仪卫、服冠可与皇后相同。哲宗亲政后，立即下令母亲的待遇完全与皇太后向氏相同。从哲宗生母的待遇问题上，可以看出其间夹杂着复杂的政治斗争背景。