在各方要求总统退位的声浪中，袁世凯方寸已乱，退位心有不甘，接着开战又有所不能，弄到最后，心力憔悴，他的身体也垮了。到了1916年5月的最后几天，袁世凯已经不能办公；6月5日，袁世凯一度休克昏迷；延至6月6日的凌晨6点，袁世凯终于一命归西。 　　袁世凯在清末的时候得过软足病，这也是当时摄政王载沣将他开缺的由头。辛亥革命爆发后，袁世凯复出，在入宫的时候还需要仆役搀扶。这一次，袁世凯得的病是膀胱结石导致尿毒感染全身，原本这个病是不会导致生命危险的，但袁世凯为人比较固执，一直不肯看西医、不肯动手术(大概也是因为发病的位置特殊，羞于启齿)，加上帝制后的种种不顺，急火攻心，更是加重了他的病情。 　　等到病情急剧恶化、小便不畅后，在袁克定的坚持下，袁世凯才让法国医生贝希叶前来诊治，但此刻为时已晚。贝希叶建议袁世凯到医院去动手术，或许还有一线生机，但被袁世凯拒绝。在这种情况下，贝希叶只好在袁世凯卧室给他导尿，但此时导出来的全是血尿。袁世凯自知不起，便急忙让人把徐世昌和段祺瑞找来，并把总统大印交给徐世昌，说：“总统应该是黎宋卿(黎元洪的字)的，我就是好了，也准备回彰德去。” 　　据说，袁世凯在6日凌晨昏厥复苏之后，对侍疾在侧的老友徐世昌低声说“杨度杨度，误我误我”；也有人说，袁世凯临终时说：“是他害了我！”袁世凯也没说这个“他”到底是谁，一般人都认为指的就是大公子袁克定。要说这复辟丑剧，袁克定还真要负一半的责任，他自己想做太子想疯了，结果是把老头子推到火上去烤，害得袁世凯一代枭雄，最后为这竖子所害，落得个可惜可笑又可叹的千古骂名，真是窝囊至极。袁克定这个人，不文不武，品不高，德不显，糊涂半生且不说，晚年还好男宠，结果因此而倾家荡产，潦倒而终。袁世凯有这样一个太子，又怎能不败？ 　　由于袁世凯死的时候仍旧是在职的总统，因此黎元洪在继任总统后还以在职国家元首的规格给他治丧。当时中央政府除了拨款五十万公款用于丧葬费用外，还通令文武机关下半旗、停止宴乐27天，民间娱乐也停7天；文武官员和驻京部队一律佩戴黑纱；设立“恭办丧礼处”，以曹汝霖、王揖唐、周自齐三人承办大典丧礼，黎元洪、徐世昌、段祺瑞三人总负责。 　　袁世凯死后，那些在护国战争中明里暗里反对他的袍泽故旧也纷纷“冰释前嫌”，或亲自或派随员赶到北京沉痛悼念老领导，所以袁世凯的葬礼也办得风风光光，备极哀荣。最可叹是那御干儿、奉天将军段芝贵，他在得知袁世凯死讯后急忙从关外星夜兼程赶来，等到了新华宫灵前更是呼天抢地，涕泪涟涟，不知道的人还以为死的就是他亲爹(真是孝子！)。