不过，秦始皇所任用的儒生，俗儒多，雅儒少，大儒一个也没有。《史记·封禅书》记载，秦始皇登上帝位的第三年，东巡，在驺峄山举行祭祀典礼，来歌颂秦朝的功业。于是征集齐鲁地区的儒生博士七十人来到泰山脚下。这群儒生中有人议论说：古代封禅使用的车子要用蒲草裹上车轮，因为害怕压伤山上的草木土石；地面还要打扫干净，再用枯草和麦稭做为垫席，然后祭祀，说这是容易遵循的。秦始皇听到这番议论，认为怪异，难以采纳施用，从此讨厌儒生。这可以说是秦始皇下焚书令的前兆。

　　上面所述，是秦始皇下焚书令的大背景。了解了这个大背景，再看秦始皇的焚书，就不难发现其目的确实不在灭绝儒学，而在禁止私学。

　　建议焚书的李斯，是儒学大师荀子的门生。他不会不懂得儒学的价值，非要灭绝儒学不可。他的建议中有几句至关重要的话：“臣请史官非《秦纪》皆烧之。非博士官所职，天下苟有藏《诗》、《书》及百家语者，悉诣守、尉杂烧之。……令下三十日不烧，黥为城旦。……所不去者，医药、卜筮、种树之书。”这就是说，禁令是针对群臣和百姓下达的，而皇室官府的藏书不在此列，而且博士官由于职责关系是允许收藏《诗》、《书》和百家语的。另外，作为儒家六经之一的《易》，属于卜筮类书，根本不在焚毁之列。决定焚书的秦始皇，在兼并天下过程中，儒法并用，赢得胜利，他对儒学的价值肯定有所认识。秦始皇没有糊涂到连皇室官府的藏书都一齐焚毁的地步。所以，尽管秦代焚书规模巨大，但是在皇室官府所保存的先秦典籍基本未受损。

　　关于这个结论，有史实可以证明。《史记·乐书》记载：秦二世沉湎靡靡之音，李斯进谏：“放弃《诗》、《书》，极意声色，祖伊所以惧也；轻积细过，恣心长夜，纣所以亡也。”意思是说，《诗》、《书》是皇帝的必修课，不学习《诗》、《书》，而沉湎声色，会使政权沦丧。由此可证，皇室内府藏有《诗》、《书》。《史记·张丞相传》记载：张苍“秦时为御史，主柱下方书。有罪，亡归”。后来，他跟随刘邦，因功被封为北平侯。张苍曾拜荀子为师，学习《左氏春秋》。汉惠帝四年(公元前191年)，废除挟书律。北平侯张苍率先献《春秋左氏传》。该书卷帙繁重，应是秦代官府旧藏，张苍利用职务之便，从官府盗出。这是官府藏书不在焚毁之列的例证。《史记·儒林传》记载：“伏生者，济南人也，故为秦博士。……秦时焚书，伏生壁藏之，其后兵大起，流亡。伏生求其书，亡数十篇，独得二十九篇，即以教于齐鲁之间。学者由是颇能言《尚书》。”可见秦博士官是允许收藏《诗》、《书》的。这样看来，除各国史记独藏周室难逃秦火之外，秦朝内府官方保留着一套相当完整的先秦典籍。而这套相当完整的先秦典籍又因项羽入关，火烧秦宫，最终化为灰烬。

　　或许有人说：尽管秦始皇在皇室官府里保存有相当完整的《诗》、《书》，可是焚书令规定“有敢偶语《诗》、《书》者弃市。……若欲有学法令，以吏为师”。像这样只准传习法令，不准传习《诗》、《书》，久而久之，儒学必然灭绝。

　　其实，这种看法是被《史记》流行版本所误导。刘宋裴駰《史记集解》在“若欲有学法令”下面引“徐广曰：‘一无法令二字’。”有无“法令 ”二字，至关重要。有“法令”二字，自然是只准传习法令；而无“法令”二字，即允许传习诸子百家，只是要“以吏为师”，这实质上是禁止私学，让官学复辟。前人研读李斯的建议，只注意到上文有“士则学习法令辟禁”，便以为有“法令”二字为是，却忽略实际。以实际考之，当以无“法令”二字为是。秦始皇焚书之后，没有废除博士制度，典职教或教子弟是博士的职掌。儒家叔孙通在秦始皇、秦二世时，都是待诏博士，后归汉，子弟从者百余人。正如秦史专家马非百在《秦集史·教育志》中所说：“若欲有学，以吏为师。”“吏盖指博士而言。博士乃政府之命官，故谓之吏。”

　　秦始皇三十四年焚书，三十七年南巡，在会稽立刻石，铭文中说：“饰省宣义，有子而嫁，倍死不贞。防隔内外，禁止淫泆，男女洁诚。夫为寄豭，杀之无罪，男秉义程。妻为逃嫁，子不得母，咸化廉清。大治濯俗，天下承风，蒙被休经。”这段文字全是儒家贞节伦常的说教。撰文者和书写者，都是丞相李斯。可见，无论是秦始皇，还是李斯，在焚书之后，仍旧运用儒家思想教化天下，整饬风俗。