以至到明朝洪武元年（公元1368年），朱元璋平定了福建割据势力方国珍后，大批逃难到台湾的乡民闻讯后纷纷返归大陆，见到明朝官吏后哭诉道：“我等渡海（去台湾）前遭兵祸，渡海后又遭倭祸，今终见太平也。” 可回来才知道，“太平”，还早着呢。 因为大明王朝建立了，“倭寇问题”却更复杂了，东南方面，被朱元璋平定的张士诚，方国珍，明玉珍等元末割据势力，都有大批残部流落海外，他们盘踞在东南沿海的海岛上，坚持和大明王朝为敌，这些当年参与和朱元璋争天下的“枭雄”们，而且却成了杀人越货的海盗。偏偏他们又与倭寇们相互勾结，甚至有不少人后来移居日本，其中比较著名的，有张士诚的旧部刘通，陈友定的旧部金子隆等人。这群人常年生活在东南沿海，对东南沿海各处的人口，地貌，城镇分布，都可以说了如指掌，更兼戎马半生见过大阵仗，作战经验丰富，而今摇身一变当了“二鬼子”，那更是相当富有敬业精神，每次倭寇抢掠，他们都积极响应，辛勤带路不说，碰到明军更杀红了眼朝上冲，掩护“日本友人”撤退，可谓是抢劫在前，分钱在后，相当的有“国际主义精神”。明朝洪武二年（公元1369年），刘通就曾作为向导，引着数千倭寇在苏南，浙东一带大肆抢掠，史载“大掠五府，饱掠而去。” 更可恨的却是金子隆，此人早年就是元朝“澎湖巡检司”的一名水手，在澎湖列岛和台湾岛都曾生活过多年，台湾的一草一木几乎都烂熟于心。后来跟着陈友定打水战，历经数战练出了卓越的海战本领。他的故主陈友定是被朱元璋杀掉的，对明王朝自然是切齿仇恨，后来逃亡到日本，摇身一变当了“二鬼子”，不但积极的领着“鬼子进村”，更帮倭寇训练水师研发火器，特别是他对于福建，澎湖，台湾岛的地貌情况非常熟悉，经常领着倭寇来此袭扰，每遭遇明军攻击，他更是坏招迭出，数次牵着明军的鼻子走，帮助倭寇全身而退。在倭寇内部，他成了身兼向导，军事科技顾问，狗头军师的“复合型人才”，根据《明史》和《明实录》记载，朱元璋在位的头二十年间，倭寇对明王朝沿海的大规模袭扰共有七次，其中五次皆发生在福建，广东地带，全是拜此人所赐。而台湾，则成了倭寇入侵的固定“中转站”，根据当时明朝“闵浙巡抚”汤和的奏报，倭寇每次侵扰福建，广东地区，中间必然会去台湾，澎湖列岛补充淡水粮食，而这些地方兵少势孤，又兼移民众多，着实成了倭寇唾手可得的“肥肉”。这个金子隆后来索性改了日本姓，改姓为小山，可他当“鬼子”也不甘寂寞，又介入了日本九州当地倭寇内部的争权事件，在内耗中被一刀宰了，“汉奸”当到如此地步，实在是比较“敬业”。