元至清末为衰落期。因为宰相制度无论怎样调整，皇权与相权之间的矛盾都无法得到彻底解决，所以从元朝开始，宰相制度便进入衰亡期。金朝罢中书、门下两省，实行一省制，以尚书省总揽政务。元朝开始是一省多相制，后改为两省多相制，又以中书省取代尚书省。明朝从废丞相到实行内阁制，使中国传统社会的中央官制发生了最重要的变革。明洪武元年设左、右丞相，丞相之下设左丞、右丞、参知政事等职，为其属员。洪武十三年，朱元璋以擅权挠政为名，杀中书省丞相胡惟庸，废丞相，使六部直隶于皇帝。废除宰相制后，相权被分于六部，国柄则集于皇帝一身。明成祖时，在洪武年间设立殿阁的基础上正式设立内阁。阁臣权力虽比宰相权力小得多，但人们还是习惯把阁臣看成宰相。清朝从三院长官到内阁大学士，再到军机大臣、总理大臣、内阁政务大臣，宰相权力日趋淡化，皇帝集权则达到极点。而随着清王朝的灭亡，中国古代的宰相制也终于走到它的历史尽头。