如果元军就此班师回去，到也不算失败，顶多是打个平手，但天有不测风云，就在忻都决定班师的前一天晚上，博多湾出现了罕见的台风暴雨。日本群岛四面环海，除东北部沿海外，均被来自热带太平洋的暖流所环绕，也就是我们常说的黑潮，气候形成较温和潮湿的海洋性季风气候。在每年八、九、十月间，日本西部和南部常遭台风袭击；博多湾恰好正位于台风的袭击区内，恰好就在元军准备回国的最后时刻，台风也恰好赶到了。

由于不熟悉地形，元军停泊在博多湾口的舰队一片混乱，不是互相碰撞而翻，就是被大浪打沉；午夜后，台风渐停，但暴雨又降，加上漆黑一片，落海的兵卒根本无法相救。忻都怕日军乘机来袭，下令冒雨撤军回国。此役，元军死亡兵卒达1.35万人。日本史书则称之为“文永之役”。

第二天即二十二日早，日军在大宰府水城列阵，但不见元军进攻，派出侦察人员始知博多海面已无元军船只，元军撤退了。日本朝野对突如其来的台风赶走元军十分惊喜，在全国范围内展开了大规模拜神活动，称为“神风”。此后“神风”一词陪伴了日本人670多年，直到公元1945年。

元世祖忽必烈第一次派遣元军入侵日本的目的，在于威吓日本，使其迅速通好，尚无灭日的决心。忻都等元军统帅利用忽必烈的这种想法，巧妙地掩饰了遭风败退的事情，以“入其国败之”的战绩，上报世祖。忽必烈信以为真，认为日军在元军的打击下，受到了应有的惩罚，必将立刻与元通好。因此，大赏征日有功将士，同时决定派出礼部侍郎杜世忠、兵部郎中何文著等，携带国书出使日本，以求通好。四月，元使杜世忠一行绕过大宰府，直抵长门室津（今天日本本州西南沿海山口县），企图顺利地闯过关卡，到达京都或镰仓。但长门守护却将元使杜世忠等人押送大宰府，然后上报幕府。北条时宗得到此消息后，立命将元使送至镰仓。然而，北条时宗，既无接受国书，也不考虑其他后果，下令将元使杜世忠一行三十余人斩首于镰仓龙口，只放逐了四名高丽船员。

五年以后，元世祖忽必烈再次部署远征日本，后仍因台风以失败告终，而且损失惨重，详情后述。(网易历史)