城市区同样按《周礼》所说“国中九经九纬，径涂九轨”的原则，分划成东西与南北向的街道坊衢。忽必烈规定旧城居民迁入新城的，以赀高和居职者为先，每八亩地为一份。贵族功臣均受封地以建宅第。新城建成后，旧城并末毁弃，仍是大都的一部分。当时习惯把新城称为北城，旧城称为南城。但旧城居民大多移居新城，因而新城繁荣，旧城萧条。新城中市集三十余处，主要分布在海子、鼓楼附近与西城的羊角市一带，商业十分繁华。至元二十九年，采纳郭守敬的建议，重凿了大都东接通州的漕渠，定名通惠河。南来船只可通过文明门西之南水门，循皇城东墙而北，直驶海子。湖面上船只蚁聚。管理机构大都路设有都总管府，下领左、右两警巡院和南城警巡院，负责城区坊市的民事与供需。左右两院分领新城五十坊，南城警巡院管理南城坊。大都城郊由宛平、大兴二县分治。南、北两城均设有兵马都指挥使司，各有巡兵一千人，负责城市治安。此外，还设有大都留守司。前代的留守一般是临时设置的，元代的大都留守司则是常设机构，负责守卫宫廷、都城和宫廷的营建修缮。忽必烈定都大都后，上都仍然保存，作为皇帝避暑的行都。每年四月，皇帝去上都避暑，中央各机构都派人随从，就在上都处理重要政务，八、九月返回大都。在此期间，通常指定一名宰相在大都驻守。