其为人比较骄贵和讲究，虽然门徒众多，但他只亲自面授少数高材生，其余学生则由这些高材生转相授业。郑玄投学门下后，三年不为马融所看重，甚至一直没能见到他的面，只能听其高足弟子们的讲授。但郑玄并未因此而放松学习，仍旧日夜寻究诵习，毫无怠倦。 有一次，马融和他的一些高足弟子在一起演算浑天（古代一种天文学）问题，遇到了疑难而不能自解。有人说郑玄精于数学，于是就把他召去相见。郑它当场很快就圆满地解决了问题，使马融与在场的弟子们都惊服不已，马融对卢植说：“我和你都不如他呀！”自此以后，马融对郑玄十分看重，郑玄便把平时学习中发现而未解决的疑难问题一一向马融求教，对于篇籍的奥旨寻微探幽，无不精研，终得百尺竿头再进一步。
　　 郑玄在马融门下学习了7年，因父母老迈需要归养，就向马融告辞回山东故里。马融此时已经感到郑玄是个了不起的人才，甚至会超过自己，他深有感慨地对弟子们说：“郑生今去，吾道东矣！”意思是说，由他承传的儒家学术思想，一定会由于郑玄的传播而在关东发扬光大。
　　 四、党锢之祸与隐修经业
　　 从马融那里学成回乡后，郑玄已经40多岁了，这时他已成为全国著名的精通今古文经学的大师了，于百家之学无所不通。于是远近有数百上千人投到他的门下，拜他为师，听他讲学。当时他家里还很贫穷，便“客耕东莱”，一面种田维持生计，一面教授门徒。东莱在今山东即墨县东南不其城南山下，环境十分优美，山上有古井不竭，井边生有一种细而长的草，和薤一样一尺多长，很有韧性，时人称之为书带草，又叫康成书带。郑玄与弟子们隐居于此，过着清贫而安谧的生活。
　　 本来，像郑玄这样学问好名声大的经师，是会被推荐或征召入朝为官的，他本人也未尝不是这样打算的。但谁知正在此时，却发生了“党锢之祸”。
　　 党锢之祸是东汉后期统治阶级内部宦官、外戚两派长期斗争的产物。
　　 外戚当权，即杀戮和罢免一大批宦官，而提拔重用他们的同党；反之，宦官掌权，则大杀外戚集团，罢免和压制外党。
　　 桓帝时，一批比较正直的士家豪族和“名士”出身的封建官僚，联合3万多大学生，一起反对宦官集团。宦官则控制了桓帝，捏造罪状进行反击，桓帝下令逮捕了李膺、陈实、杜密等200余人，并对逃亡者悬赏追捕。这就是发生于延熹九年（166年）的第一次“党锢之祸”。
　　 后来，由于外戚集团的支持，桓帝下令开赦李膺等200人。不久，外戚与党人联合起来计议诛杀宦官，泄秘后反被宦官先发制人，阴谋陷害，将李膺、杜密等200余人一并下狱处死。之后，又在全国各地陆续逮捕“党人”。灵帝建宁元年（168年），下诏各州郡查究党人，凡“党人”及其门生、故吏、父子、兄弟现居官位者，一概免职禁锢，这就是所谓第二次党锢之祸。所谓“党锢”，也就是视为党人而予以禁锢，绝其仕进之路，永远不许为官。郑玄曾为杜密故吏，又曾受杜密的赏识与提携，所以也被视为党人，于建宁四年（171年）和同郡孙嵩等40余人俱被禁锢。
　　 这一年，郑玄才45岁。
　　 郑玄被禁锢后，绝了仕进之路，使杜门不出，隐修经业，集中全部精力来进行遍注群经的工作。郑学的主要成就，都是在这一时期完成的。 汉代经学有今古文之分。秦始皇焚书后，汉代有一些老儒生凭记忆背诵出来一些经文，用当时通行的文字（隶书，即今文）记录并整理出来，叫做“今文经”。