镇国家、抚百姓的萧何，违心地干了侵害百姓利益的事情，心中很不安，总想找机会补偿百姓。不久，萧何看到长安一带耕地狭小，百姓缺衣少食，可是天子的上林苑中却有许多闲着的荒地用来放养禽兽。萧何觉得太浪费了，便上奏请皇上把这些荒地分给百姓去耕种，收了庄稼留下禾杆照样可以供养禽兽。汉帝刘邦当时正在病中，见此奏章，又恨萧何取悦于民，一怒之下，下令将萧何逮捕入狱。满朝文武以为萧何必犯了大逆不道之罪，怕连累自己，都不敢替他申辩。幸亏有一个名叫王卫尉的人，平日素敬萧何的为人，在侍卫刘邦时顺便向刘邦探问：“萧相国犯了什么大罪？”刘邦余怒未消，道：“休要提他？提起他朕就生气。当年李斯为秦相时，做了好事都归君主，出了差错就揽在自己身上。现在萧何受了商人的许多贿赂，竟要求我开放上林苑给百姓耕种，这分明是想取悦于民，自己得个好名声吗？不知道把我看成是什么样的君主了!”王卫尉闻言奏道：“陛下未免错疑丞相了。臣闻百姓足，君孰与不足，相国为民兴利，化无益为有益，正是丞相调和鼎鼐应做的职务。民间百姓感激，断不会感激丞相一人，因为有这样的良相，必是贤明之君主选用的。还有一层，丞相如有野心，当年陛下在外征战数年，他那时候不费吹灰之力便可坐据关中，何至反以区区御苑，示好百姓，而去收买人心呢？”王卫尉见汉帝认真在听，顿了一下，继续说道：“前秦灭亡，正因君臣猜忌，才给了陛下机会。陛下若疑忌萧丞相，不但浅视了萧何，也看轻了陛下自己呀。”刘邦听了，心里虽然不大高兴，但想想王卫尉的话毕竟有些道理，于是挥挥手，当天就命人放了萧何。

萧何当时已是60多岁的老人了，见刘邦开恩释放了他，更是诚惶诚恐，谨慎恭敬。虽然因为全身带上刑具，害得他手足麻木，连路都快走不动了，而且蓬头赤足，污秽不堪，但又不敢回府沐浴再朝拜天子，只得这样上殿谢恩。刘邦见萧何如此狼狈，也觉得有些过意不去，便安抚萧何道：“相国不必多礼!这次的事，原是相国为民请愿，我不允许。我不过是夏桀、商纣那样的无道天子罢了，而你却是个贤德的丞相。我之所以关押相国，就是要让百姓知道你的贤能和我的过失啊!”刘邦的这段话虽然言不由衷，但对萧何的廉政为民，终于还是默认丁。从此以后，萧何对刘邦更是诚惶诚恐，恭谨有加了。刘邦也照例以礼相待，但萧何从此对国事就只能保持沉默了。

鞠躬尽瘁死而后已

汉十二年(公元前195年)四月二十五日，汉高祖刘邦病逝于长乐宫，享年62岁。同年，太子刘盈即位，是为惠帝。萧何继任丞相。不过这时，萧何年事已高。这期间，萧何在“约法三章”的基础上，参照秦法，摘取其中合乎当时社会情况的内容，制定了律法共九章。这是汉朝制作律令的开端。萧何制定的汉律九章，删除了秦法的苛繁、严酷，使法令更为明简。公元前193年，年迈的相国萧何，由于常年为汉室操劳，终于卧病不起。病危之际，汉惠帝亲自前往探望，并趁机询问：“丞相百年之后，谁可代之？”接着惠帝又问：“曹参如何？”萧何听了，竟挣扎起病体，向惠帝叩头，道：“陛下能得到曹参为相，我萧何即使死了，也没有什么遗恨了!”