永嘉六年（312）二月，从北方传来石勒准备兴兵南下的消息，建邺震动。石勒在苦县宁平（今河南郸城东）屠戮王衍等西晋大臣后占据许昌。不久，他引军骚掠豫州诸郡，临江而还，屯兵于葛陂。葛陂在今河南新蔡北，是周围三十里的大湖。它上承澺水（今洪河），东出澺水、富水连结淮河。石勒在葛陂修堰筑垒，课农造舟，确实有由此渡淮入江，夺取建邺的打算。司马睿采取了相应的防范措施，将主力部队全部集中在寿春，任命熟悉水势的南士纪瞻为扬威将军，都督京口以南至芜湖诸军事。由于连降三个月的大雨，石勒的军队饥疾并臻。石勒听从谋士张宾的建议，取消南下计划，撤军北上。纪瞻乘势追击一百余里，江东形势才化险为夷。

永嘉六年十二月（313年1月），司马睿写信给流窜到沌口（今湖北汉阳东南）的荆州刺史王澄，要他到建邺担任军谘祭酒。王澄为王衍的胞弟。六年前，王衍曾为家族的长远利益作过一些规划，以王澄为荆州刺史就是他替自家安排的一条退路。王澄到任后，纵酒博弈，昏庸残暴。他在派部将镇压李骧领导的流民起义时，曾用欺骗手法将投降的八千多人尽沉江中，可谓凶残至极。杜弢起义发生后，迅速波及荆湘诸州，王澄亲自将兵攻打，却屡为杜弢所败。不久，荆益诸州都督山简的部将王冲又自称荆州刺史，把王澄打得四处奔逸，立足无所。正在仓皇之际，司马睿请柬的到来，对于王澄来说好象救星一般。他立即答应奔赴建邺，但途经豫章时，王澄因得罪王敦，被杀。王澄死后，司马睿派周接替王澄的职务，企图进占荆州。但由于受到流民军的攻击，周无法在荆州立脚。

永嘉七年（313）二月，刘聪将俘获的晋怀帝司马炽杀死。当年四月，凶信传到长安。已经占据长安的秦王司马邺开始称帝，这就是晋愍帝。晋愍帝即位后改永嘉为建兴，并任命司马睿为左丞相、大都督，负责都督陕东诸军事；以秦州刺史南阳王司马保为右丞相、大都督、负责都督陕西诸军事。这是愍帝借用历史上周公召公“分陕而治，挟辅天子’的典故，对司马睿等人实行的重封。愍帝企图通过这种方式拉拢他们，以调动各地晋军对刘聪、石勒进行一次军事反击，以期达到缓解汉将刘曜对长安的围困，并进而收复洛阳的目的。但是，司马睿以“方平定江东，未暇北伐”（《资治通鉴》卷八八）为由，拒不执行愍帝要他进攻洛阳的诏令。

在司乌鲁的下属中，也有人对此表示异议。居住在京口（今江苏镇江）的军谘祭酒祖逖上书给司马睿，坚决要求出师北伐。祖逖的要求，使司马睿左右为难。因为在江南建立起一个偏安的小朝廷，是司马睿和王导的共同理想，所以他们无意于北方。但是他们又不愿意因直接拒绝祖逖的要求，而激怒一部分有着光复中原志向的南渡北人。最后，司马睿只得对祖逖采取敷衍的态度，一方面同意祖逖北伐，并任命他为奋威将军、豫州刺史；另一方面则既不供给武器馅甲，也不调拨士兵，只给一千人的粮廪和三千匹布，由祖逖自己去召募军队。