刑部查出了庄氏《明史》扬明、毁清的八大罪状，定为逆书。严刑拷讯下，庄允城供出了作序人李令皙，李经不起拷掠惊吓，加上老病，死在狱中。赵君宋也不得不交出完整的《明史辑略》，铁证如山。康熙二年正月二十日清晨，湖州城门禁闭，按书内名单挨家搜捕，父子兄弟姐妹祖孙，以及内外奴仆一律擒拿；仅李令皙一家被捕的就有百十口，连前来拜年的亲戚和看热闹的邻居也一齐拿下。庄、朱两家抓了好几百人不算，不在湖州的还要通缉追拿归案。     文字案株连者众        这年五月二十六日，在杭州弼教坊刑场上大开杀戒，有的被凌迟，有的被重辟，有的被处绞。庄廷鑨被掘坟碎尸。书中署名的十八人中得以幸免的只有四人：董二酉在结案前三年身死；查继佐二十年前无意中接济过一个乞丐吴六奇，此人现在平南王尚可喜手下任广东提督，他为查打点疏通，说查与陆圻、范骧三人并未参与，系被庄允城擅自挂名，又属首告，故无罪开释。其余十四人加上庄允城、朱佑明均遭凌迟。庄、朱家族中，男子处斩，妇女幼男有的流放边区，有的配给旗人为奴。凡与《明史辑略》有关的刻写、校对、印刷、装订者，以及贩书卖书、购书藏书的，甚至读过此书的，不下两千余人，全被牵连锒铛入狱。     上任才三个月的湖州知府谭希闵、推官李焕宁、库吏周国泰等以隐匿罪处以绞刑。归安训导王兆桢到任不及半月，以放纵看守罪被绞死。赵君宋不仅未因献书立功，反而被判私藏逆书之罪，砍了脑袋。浙江将军柯奎受贿包庇，革职为民，原湖州知府陈永命，坐受贿包庇罪，虽已在山东自杀，亦追尸置杭州法场，当众分尸三十六块，并株连其弟江宁知县陈永赖。     事后，吴之荣得到朝廷封赏，捞了庄、朱两家财产的一半，又起复做了个右佥都御史。有书记载说，康熙四年秋，吴之荣从福建回来路上，突遇狂风，雷电交加，骤得恶疾，肉化于地，骨存于床，人们都说他是遭报应，被天雷劈死的。