朱元璋削平群雄，统一南北的同时，吸取历史的经验教训，着手稳固新建王朝的统治，制定一系列的政策和制度，使专制主义中央集权进一步强化和发展。在中央废中书省和丞相，政归六部，六部尚书直接听命于皇帝。改御史台为都察院，与大理寺、刑部合称三法司。在地方废行中书省，设立承宣布政使司，又设提刑按察使司、都指挥使司，合称都、布、按三司，各自直属中央。又创立了卫所制。为削弱将领的军权，于洪武十三年设五军都督府。朱元璋实行安养生息的经济政策，采取奖励垦荒，实行民屯、军屯、商屯等屯田制度，兴修水利，在全国推广桑、麻、棉等经济作物的种植等一系列有利于恢复和发展农业生产的措施，成功地使明社会经济较快地得到了恢复和发展。他还下令清丈土地，编制赋役黄册、鱼鳞图册，建立里甲及粮长制，把农民束缚在土地上。他的限制和打击旧豪族地主、规定工匠轮班制、放松对手工业者的人身控制等政策，对恢复和发展农业和手工业生产也起了促进作用。为充实官僚机构，朱元璋采取荐举、学校、科举三途并用的办法选取官吏。他鉴于元代官吏贪污腐败以至亡国的教训，决意整顿吏治。甚至以剥皮囊草来惩办贪官污吏，办法之严酷为历史上所罕见。他的厉行整顿虽有一定效果，但因其性格猜忌多疑，也滥杀了不少无辜。为强化皇权，解决统治阶极内部矛盾，朱元璋借胡惟庸案、蓝玉案大肆诛戮功臣；为保证封建统治秩序的稳定，他制订了《明律》和《大诰》，还特别设立锦衣卫特务机构。

明初，朱元璋还实行分封制，将24个儿子和1个从孙分封到全国各地，以巩固统治。由于北元回归大漠后保有相当强的军事力量，对明朝北部形成极大威胁，故朱元璋分布在北方边防线上的塞王兵力尤为雄厚，洪武后期，这些塞王已掌握边军事指挥权，防止了军权旁落。但他的第四子朱棣（见明成祖）后来却因此夺得他的继承者建文帝的皇位（见靖难之役）。

朱元璋制定的一系列政策和制度影响深远，具有一定的进步作用，并奠定了明朝200多年的统治基础。但他将中央集权君主专制发展到空前程度，以及由此对社会经济产生的阻碍作用，也反映出中国封建社会转入后期的历史特色。洪武三十一年（1398）闰五月卒，葬南京孝陵。朱元璋在位31年，死于1398年时年71岁。

朱元璋创建明朝后勤奋治国三十一年,整肃吏治,严惩贪官,创立卫所,巩固边防,重视农业,对社会的稳定,国家的统一和发展,都起了积极作用。朱元璋胸怀韬略，深谋远虑，善于驾驭战争，掌握主动权。在群雄对峙中，巧择战机，各个击破。每战持重用兵，力避两面受敌，并适时集中兵力歼灭敌人。注重招贤纳士,广采众议,严格治军，完善军制，练兵育将，强调将领要识、谋、仁、勇兼备。主张寓兵于农，且耕且战，保持一支强大的武装力量。其军事思想对后世有较大影响。