由于土府州县及土司的情况复杂，明廷对各级土官的控制程度并不相同。对边远地区的土司，一般控制较弱。各地土官又时有承袭纠纷，或争地仇杀，或不服朝命，所以，明代土府州县及土司地区经常发生战乱，甚至导致朝廷用兵，如正统年间三征麓川，调动军队数十万，历时十余年始告平定。明代在完备土府州县及土司制度的同时，又实行改土归流政策，革除土官的世袭，以流官代替土官；行政上废除土府州县及土司，代之以府州县及卫所，从而使整个土官制度纳入地方行政系统之内。因土官世代相袭，势力根深蒂固，有明一代，改土归流之策实际上仅发其端，直至清代中期始普遍推行，但部分土司仍一直延续到民国时期。