公元1278年，元兵刚刚攻破南宋京城杭州，没过几个月，当时的江南佛教总管、西域僧人杨琏真伽就开始了对南宋皇陵疯狂的盗掘。宋六陵埋得较浅，挖墓并不困难。首先被挖开的是宋理宗赵昀的永穆陵，挖开浮土后就见到长长的用青砖砌成的地宫，撬开宫门后就是墓道，墓道两侧摆满了祭品和殉葬品，杨琏真伽撬开宋理宗的棺椁，据一些史料记载，棺椁被撬开时，里面射出一道白光，直冲云天，原来棺内堆满了金银珠宝。

当时宋理宗才死4年，遗体的面目还栩栩如生，只见他头枕七宝伏虎枕，脚抵一柄杨贵妃用过的穿云琴，身下垫的是锦绣软缎，软缎下面的凉席,被当时一个盗墓人拉出来后往地下一摔，听到发出金属的声音，拿起来仔细一看，原来是纯金丝编的。 杨琏真伽不仅盗走了大量的金银财宝，而且把宋理宗的尸体也拖了出来，在树上倒挂了3天，把理宗肚子里用来防腐的水银泄了出来。

这还不算，他见理宗头颅硕大,还丧心病狂的把脑袋拧断，顺手带走，刮去腐肉，变成光滑滑的头颅，以颅壳盛酒，作战利品炫耀。因为西域僧人有一个习俗，用人的头骨做器皿可以招福去灾,更何况是皇帝的头骨。

杨琏真伽前后挖开101多座古墓，把多数皇陵以及埋入皇陵的后妃、皇子、公主以及功勋大臣的坟墓几乎全部挖开，尸骨撒满山沟，一片狼藉，惨不忍睹，杨琏真加觉得这样还不过瘾,于是将诸帝骨骸杂以牛马枯骨，在临安故宫中筑塔十三丈，名曰镇本，以压胜江南士人的反抗意志。历代陵寝，虽多有盗掘，而惨酷如斯，真可以说是惨不忍睹。朝野为之震动，民间怨声冲天。绍兴有唐珏等两位义士冒险收集先帝遗骨，葬入一座庙里，后人为唐珏修了寺庙，名曰双义寺。这是南宋皇陵的第一次劫难，也是最大的一次劫难。

明初，朱元璋下诏令重新修复宋六陵，并想办法把宋理宗的头骨从西域赎回来，重新埋到宋理宗的墓中，而且每一座陵都重新树上碑，并派了守陵人员，划出宋六陵这块地方不准砍伐，当时，陵区成了一片茂林。

然而，到了清朝，又有人对宋六陵进行了盗掘。抗战期间，汪伪政权的一些官兵也曾到这里来进行过一次集体盗掘，对宋六陵的破坏相当大。巍巍皇陵，如今只剩下一丛丛稀疏的古松树，还昭示着昔日皇家的威严，象征着南宋皇陵的存在。