神宗在即位之初，他对王安石富国强兵的变法主张极为欣赏，并在变法的前一阶段，即熙宁七年（1074年）以前，对新法的推行给予大力支持。如果没有神宗的支持与配合，王安石在全国范围内实行变法是不可能的。宋神宗的政治抱负和锐意改革的正确决策，保证了变法的成功，这对于改善当时的社会生产条件，增强国力，具有积极的意义。新政维艰，元丰改制变法虽然在前一阶段取得胜利，但守旧势力的攻击并没有停止，特别是随着变法的逐步深入，触及大地主、大商人的利益越严重，守旧势力的进攻就越猛烈。于是，神宗开始左右摇摆，他希望在平衡各派势力的情况下，勉力维持新政 熙宁七年春，天大旱，久不雨，朝内外守旧势力以“天变”为借口，又一次掀起对变法的围攻。这一次围攻得到了仁宗曹后、英宗高后和神宗向后的支持。以太皇太后曹后为首的外戚参与反对变法，不能不对神宗产生巨大影响，这是因为英宗、神宗一系实非仁宗嫡嗣，只是由于仁宗无子，才把英宗选为皇储最后继承皇位，所以仁宗的曹后和神宗之母高后对神宗有较大的威慑力量。神宗由是开始动摇。当王安石对所谓的“天变”据理反驳时，神宗不再听从王安石“天变不足惧”的解释了，相反他认为“天变”不是小事，是因人事不修所致，“今取免行钱太重，人情咨怨，至出不逊语。自近臣以至后族，无不言其害。两宫泣下忧京师乱起，以为天旱更失人心”。四月，神宗终于在曹后、高后再次流涕，向神宗哭诉“安石乱天下”的情况下，罢王安石相，改知江宁府，使变法遭受挫折。虽然熙宁八年（1075年）二月神宗重新起用王安石，但随着守旧派势力的增强，变法派内部意见的分歧，神宗对王安石专用信任的程度大大降低，“王安石再相，上意颇厌之，事多不从”，变法不能推进。熙宁九年（1076年），天上出现彗星，守旧派又以“天变”对变法提出非议，神宗更加动摇。他对王安石说：“闻民间殊苦新法”。十月，王安石不得不复求罢相，出判江宁府。
　　 王安石两次罢相，都是神宗向守旧势力妥协的结果。神宗的政治目标是希望通过变法富国强兵的，但他一怕得罪两宫太后，二怕出乱子。当“人情咨怨”、朝议汹汹，变法碰到较大阻力时，他就退却了。他要调整政策，相对平衡地对待要求变法的新党和主张守旧的旧党两股势力。这样做，一方面可以给自己留有余地；一方面则仍然体现了自宋太祖起就有的“异论相搅”的传统家法。其实，在神宗全力支持王安石变法的时候，就注意抚慰旧党中罢退的元老重臣，以示恩眷。韩琦罢退河北，上疏反对青苗法，神宗虽然最终没有接受，但一开始仍夸奖曰：“琦真忠臣，虽在外，不忘王室。”熙宁七年八月，则特遣宦官李宪往相州赐韩琦诏书和汤药。熙宁六年（1073年）文彦博罢枢密使，便诏与其子孙推恩，特表恩宠。元丰三年（1080年）文彦博朝觐，神宗“赐宴琼林苑，两遣中谒者遗诗祖道，当世荣之”。王安石第二次罢相后，神宗任用貌似“中立无与”，实际上则为守旧势力的吴充为相。又先后重新起用曾被罢退降职的旧派人物吕公著、冯京、孙固等，以平衡新派、旧派的力量。
　　 在政治上神宗还是勉力维持新政局面的。在王安石第一次罢相后，守旧势力以为时事将有大变。神宗却明确下诏说明新法“间有未安，考察修完，期底至当。士大夫其务奉承之，以称朕意。无或狃于故常，以戾吾法。敢有弗率，必罚而不赦”。王安石第二次罢相后，终神宗朝，除方田法罢废及部分新法条文被稍作调整外，新法基本上得以贯彻执行。神宗对在外地任职的王安石也多有关照，如熙宁十年（1077年）以王安石为集禧观使；元丰元年（1078年）以王安石为尚书左仆射、舒国公、集禧观使；元丰三年改制，则以王安石为特进，改封荆国公。
　　 元丰年间，神宗亲自主持改制，希望在保持新法既得成果的基础上，在某些方面使改革有所推进。他绕开容易引起争论的理财问题，而把注意力放在整顿冗官和强化军兵保甲问题上。冗官冗费是宋朝官僚政治的毒瘤，宋初，太祖、太宗二朝为了加强皇权，广授官职以分宰相和省、部、寺、监之权，授官制度复杂，有官、职、差遣之分，造成机构重叠，闲官冗费等弊端。元丰三年八月，神宗正式启动官制改革，他首先从积弊最深的差遣制度入手，诏令撤销只领空名的官职，原作为虚职的省、部、寺、监各官皆实际任事。并采用旧文散官的名称编成官阶，作为官员俸禄及升降的品阶标准。元丰五年（1082年），以《唐六典》为蓝本，颁行三省、枢密、六部新官制。元丰年间中央官制的改革，虽然局限性很大，但表现了神宗维持新政，继续改革的心愿，在一定程度上改变了宋初以来混乱的官僚体制，奠定了北宋后期和南宋中央官制的基本构架。