第二次是宋神宗元丰五年（公元1082年）开始的官制改革，史称元丰改制。元丰改制撤销中书门下，恢复唐初三省制度，置三省长官——尚书令、中书令和门下侍中。不过，这三个官位只是虚设，从不授人。又仿照唐制，用尚书左仆射、右仆射代行尚书省的职权；尚书右仆射兼中书侍郎，代行中书令的职权，他们是正宰相。这时，参知政事的名称被取销，而增设了四名副宰相，即门下侍郎、中书侍郎、尚书左丞、尚书右丞。第三次是宋徽宗政和年间（公元1111——1118年），蔡京任宰相，自称“太师”，总领门下、中书、尚书三省之事，改尚书左、右仆射为“太宰”、“少宰”，由太宰兼门下侍郎，少宰兼中书侍郎。钦宗靖康年间，又废除太宰和少宰，改为尚书左仆射和右仆射。第四次是南宋高宗建炎三年（公元1129年），正式以左仆射和右仆射兼同中书门下平章事，为正宰相，又将门下侍郎和中书侍郎改为参知政事，为副宰相。还取消尚书左、右丞的官称，大体上恢复了宋初的制度。第五次是孝宗乾道八年（公元1172年），又改左、右仆射兼同中书门下平章事为左、右丞相，参知政事照旧。除去中书令、侍中、尚书令的虚称。门下并入中书，称中书门下。左右宰相主中书事，兼尚书省之长，六部直属于宰相，尚书省之制已废于无形，实际上这也是三省合一。从此，左右宰相成为全国最高的行政长官，尚书省只掌握六部，奉命执行政务。当时大臣虞允文、梁克家为首任左、右宰相并兼枢密使。除宰相之外，尚有“平章军国重事”一职。《宋史·职官志一》说，哲宗元祐中，置平章军国重事，以文彦博、吕公著相继任之。其位在宰相之上，专以处高德老臣，以示宠幸，五日或两日一朝，非朝日不至都堂（政事堂）。但这一官职只是一种最高荣誉职位，并没有多少“军国重事”可管。南宋时，情况有些变化，宁宗开禧元年（公元1205年），韩侂胄任平章军国重事，“所预者广”，“所任者专”，独擅朝政。理宗时，权奸贾似道也升任“太师，平章军国重事”，窃位日久，恩宠日隆，位在丞相之上。于是，“平章军国重事”便独揽军、政大权，出现了军政合一的定制，而宰相则屈居于副职的地位。宋初的宰相称为中书门下平章事，这是沿袭唐代的，中书门下的长官编制不固定，大致同中书门下平章事和参知政事同时不超过五人。或三相一参，或三相而无一参。太宗以后，以三相二参或二相二参居多。唐代以三省长官为宰相，在政事堂办公。政事堂先设于门下省，后迁至中书省，最后干脆就改称为“中书门下”。宋初虽门下、中书、尚书三省的名称照旧，但这些与唐代之制已大不相同。首先是宰相不专用三省长官；其次是三省的职权已转移。唐代三省分掌定策、封驳和执行之权。但宋代三省的权力被削弱。这个削弱，与“宰相不专用三省长官”有关。《宋会要辑稿·职官一》就记载了元丰改革官制以前，三省权力旁落，官署冷清的情形：“中书省、门下省者，存其名，列皇城外两庑、官舍各数楹。中书省但掌册文、覆奏、考账，门下省主乘舆、八宝、朝会、报版、流外、考校诸司附奏挟名而已。”至于尚书省，实际上自唐末五代就已经逐渐荒废了，至宋代就更是名存实亡。因此，北宋前期经常有大臣建议恢复尚书省的地位。例如宋太宗淳化二年（公元991年）九月，右谏议大夫王化基上疏言五事，其一便是“复尚书省”。他建议“废三司，止于尚书省设六尚书分掌其事。”唐代的尚书省分掌吏、户、礼、兵、刑、工六部，掌握行政、财政、司法、仪礼的大权。至宋代，官吏的选用，另设审官院，“除授者皆出中书，不复由吏部”。户部则归于三司。这样，行政权归于政事堂，财政权移归三司。三司的设立，是宋太祖收回财政权的重要措施之一。王化基废“三司以实尚书省”的建议，自然不被采纳。但是为了搪塞众议，宋太宗对尚书省长官的地位也给予某些提高。淳化三年（公元992年）升尚书令于三师之上。然而，这并没有提高尚书令的职权，何况尚书令又很少授人。因此，到至道、大中、祥符年间（公元995年—1061年），不断有大臣提出恢复尚书省制的问题，但均未有结果，这个问题至神宗元丰改制以前，一直争论不休。实际上，尚书省职权之分割，是宋代分散中枢机构的权力而强化皇权的反映。正是这种变化，在其后促成了三省制的消亡而演进为一省制。