康熙十三年，于成龙迁武昌知府。时值吴三桂造**，进兵湖南。朝廷大军征讨岳州，令于成龙造浮桥接应。这一回老天爷不佑于成龙，桥造成了，偏发山洪，桥被冲垮，于成龙为此而被罢官。此时，吴三桂势头正大，他反清的文告传遍了湖北，湖北境内的麻城、大冶、黄冈、黄安等地，都有人占山为王响应吴三桂。有一个叫刘君孚的，曾在于成龙的手下当过差，在缉捕盗贼方面还有点本事。刘君孚也接到了吴三桂的文告，便和藏匿在他家的大冶来的贼头黄金龙一起，联合大盗周铁爪，占据了曹家河反叛。官兵进剿，被其打败。无奈，巡抚张朝珍知道于成龙得民心，只好起用他，要他征讨刘君孚。 　　于成龙受命后，日夜兼程赶往刘君孚的老窝。他知道刘君孚虽反，但仍心存犹豫，尤其是他的手下，真正要造**的人并不多，只是已经走到了这一步，怕回头也被朝廷诛灭，于是只得硬着头皮干而已。距刘营十里许，于成龙驻扎下来，张出榜文宣告，凡3日之内投诚的，免罪，过了3日，则以从逆论处。榜文一出，每天来自首的就有一千多人。这一来，刘君孚势力大减，想投降，又怕被诛，可谓走投无路。这时，于成龙派人送信给刘君孚，言明将亲往招安。届时自己骑了匹骡子，只带了两个人，一人打伞，一人敲钟，一路令那两个随从大呼：于太守救你们来了!悠悠然朝刘营而去。 　　刘君孚闻知，即藏于山后，令数百弓箭手埋伏于道路两旁。于成龙来到营中，坐于大厅之上。叛军们横眉怒目环列四周，那阵势似乎只要感到于成龙对他们稍有不利，便会将于成龙撕成八大块。于成龙对此似乎不觉，坐定，便问左右：“刘君孚我那老奴在哪里?”将刘君孚称之为老奴，一则言明了他和刘君孚以前的主仆关系、二则是显示他于成龙至今旧隋不忘。之后，他又和守着他的叛众拉起了家常，问他们：山中雨水够不够?庄稼长势如何?你们都是一些安份守己的老百姓，怎么会造**呢?天气这么酷热，你们的父母妻儿藏在什么地方，他们受得了吗?一番轻言细语，说得横眉怒目看守他的叛军们，一个个痛哭流泣，磕头如捣蒜。于成龙见状，说道：天太热，我要稍睡片刻。说罢倒头便睡，鼾声如雷。一觉醒来，仍不见刘君孚，便骂道：刘君孚老奴，为什么还不出来?我来了，也不设席摆酒，成什么话?刘君孚见于成龙对自己如此不设防，心始安定，这才出来，率众磕头受抚。 　　刘君孚受抚后，反戈一击，率众抓了黄金龙并斩之。于成龙平叛有功，巡抚张朝珍据实上报，并请复官，任黄州知州。张巡抚的报告得到了康熙皇帝的批准。 　　于成龙至黄州赴任，又遇湖北大乱。永宁有何士荣反，阳逻有陈鼎业反，白水畈有周铁爪、鲍世庸反，石陂有刘启业反，这些人各拥有数千人马，号称十万，直向黄州杀来。此时的黄州城内，官民全计，总共只有数百人。有人向于成龙建议，鉴于敌我力量悬殊，请他退出黄州专守麻城。于成龙说：黄州，乃七郡咽喉之地，若一旦放弃，则荆州、岳县也就瓦解了，因此，我誓死不敢放弃黄州。但坐守黄州也非良策，应当主动出击。贼人虽多，但都看何士荣行止行事。若能先剿灭何士荣，其余的可不攻自下。于是召集乡兵，得二千多人。于成龙令黄冈知县李继攻陈鼎业。何士荣此时占据了黄土坳，于成龙令把总罗登云、武举人张尚圣迎击。不料两军相遇，清军不利，于成龙便急忙赶到张尚圣营中督战。到了中午，乡兵们得到消息都汇集起来，有五千多人，驻扎在箔金寨，与叛军对垒。第二天一早，何士荣率数万之众分东西两路向清军发起了进攻。东路叛军人少，罗登云率领一千多人前去抵抗。西路叛军人多，于成龙亲率千总李茂升抵御西路叛军。于成龙令张尚圣抵御叛军右面，把总吴之兰进攻叛军左面。然战斗刚一打响，吴之兰便中炮阵亡。叛军见之，斗志猛增，攻势更急，以至战火烧着了于成龙的胡须。情况危急，部下劝于成龙暂且避一避。于成龙怒叱道：今天就是我的死期!敢言退者，斩!又对李茂升说：我若战死，你可向张朝珍巡抚报告。说罢，扬鞭驱马直向叛军阵上冲去。李茂升恐于成龙有闪失，急发炮火轰倒了叛军大旗，并率军跟进。交战中，李茂升马中枪，李茂升跳下马来，接连射杀二人，换了匹马后，又手刃数人。张尚圣则率军从山右绕到叛军阵后，前后夹攻，叛军大败，割下用以计功的叛军左耳有数千只之多。何士荣左臂断了被擒。罗登云迎击东路叛军，亦将东路叛军击败，叛军溃败数十里。于成龙缴得叛军花名册，看也不看立即就烧了。于成龙又乘胜追击叛军直到吕王城。这时，有人建议稍事休息。于成龙说：破竹之势，不可失去。埋锅造饭吃毕，于成龙便下令将所有的炊具全部毁弃。于成龙在马上草拟了一份宣传文告，说：有能抓住叛贼来的，重赏；有来投降的，免死；被胁从叛乱的，回来的可闭门在家；只要没有武器，即使从了贼，也一概不予追问；若私藏武器，即使是一般老百姓，也要处死。溃败的叛军听说何士荣被擒，而花名册又被于成龙烧了，于是纷纷丢下武器，散了。何士荣破，周铁爪、鲍世庸等随后也一一被擒。 　　这一仗，于成龙立了大功。他自召集乡民拒敌，并以数千乡兵剿平数万叛军，前后不过24天，而且没有花费公家一匹布，一斤粮。 　　康熙十七年，于成龙升任福建按察使，这职务相当于省高级法院的院长。当时，郑成功常从台湾进犯泉州、漳州诸郡，有人因被扣上“和郑成功有联系”而获“通海罪”，竟株连了数千人。此案若成，这些人当被屠杀。于成龙经过一番调查了解后，向康亲王上了一书，说明这案子牵涉到的，大多数都是一般老百姓，应予释放。康亲王一向看重于成龙，同意了他的请求。福建清军中，又多掠良家女子为奴。于成龙又四处集资为这些女子赎身，让她们各自回家。巡抚吴荐廉上疏称赞于成龙才能。于成龙由是升任布政使，副省级了。 　　康熙十九年，于成龙升任直隶巡抚，一省的最高行政长官。他一到任即下令，省所属各级官员，不得私加火耗银子来馈遗上级官员。所谓火耗，本是碎银熔铸成锭的损耗，然后来则成了赋税正款外的勒索。清初时期，火耗极重，私加火耗，多为各级官员中饱私囊。于成龙这一纸令下，不知减轻了该省老百姓多少负担。 　　康熙二十年，因母丧，于成龙告假获准。然服丧不久，即受命任江南江西总督。于成龙到任后，经常微服私访，以了解民间疾苦和下属官员的操行。他自己办公，则常常是通宵达旦。江南民俗本好奢华，但作为正二品大员的于成龙，一月难得吃上一回肉，常年以青菜为主菜，故而得了个“于青菜”的外号。他榜样的作用是巨大的。江南士绅百姓，相率学习，将绫罗绸缎换成了粗布衣服，外出轻装简从，做家俱也不再描金绘银，婚丧嫁娶也不再铺张浪费。在于成龙治理期间，连强盗偷儿们都远远地逃离开了。于成龙上任没几个月，江南江西大治。康熙二十三年，于成龙又兼任江苏和安徽两省巡抚。不知是否劳累过度，没有多久，就在任上逝世了。