转过年来的春正月，武则天把睿宗的几个儿子都封为亲王：如成义为恒王，隆基为楚王，隆范为卫王，隆业为赵王，俨然把睿宗的帝王之尊抬得高高。然而事实上，在武则天一步步走上政治峰巅的过程中，睿宗这个皇帝只能是一个徒唤奈何的旁观者而已。永昌元年（689），武则天开始使用周历。同时，改元为载初元年（689）。这一年，武则天开始使用了自己的新名字——曌。从此，为了避讳，发布的诏书就改称“制书”。为了配合武则天的政治改作，不久有数万人上表请愿，请求武则天实施改朝换代。当时，宗室大臣和朝廷反对派纷纷遭遇杀戮和灭门之祸，武则天的政治经营已势不可挡。处于政治波澜中心的睿宗，更不能不有所表示。于是，在刘祎之死后不再发言的睿宗也上表请求母后荣登大宝，并恳请赐自己姓武。睿宗此举未必是出于本意，却使武则天的改朝换代有了一个台阶，也使睿宗自己得保平安。天授元年（690）九月，武则天表示同意儿子睿宗和群臣的请求，并于九月九日改唐建周。睿宗被降为皇嗣，赐姓武，徙居东宫，其具仪一比皇太子，但是不再给他皇太子的名分，皇嗣也就是候补性质的皇位继承人。李旦的名字也改为“轮”。皇太子也就成为皇孙，皇后刘氏也从降为妃。

睿宗第一次让天下，就这样完成了。作为皇嗣的睿宗，日子也并不平静。不知什么原因，武则天宠信的户婢韦团儿看中了这位不得志的皇嗣，曾想和他发生私情。睿宗深知自身境遇，又怎么会引火烧身，就理所当然地拒绝了她。这样就得罪了团儿，她就暗中在睿宗的妃子刘氏和德妃窦氏的住所埋了一个木头人，然后告发她们行厌蛊妖法，诅咒武则天。结果，在长寿二年（693）正月二日，刘氏、窦氏进宫朝见武则天于嘉豫殿之后就被处死，秘密地埋在宫中，无人知道她们的下落。梓宫秘密，莫知所在，睿宗再次即位以后，对二人都是招魂而葬。对于两个妃子的突然失踪，睿宗也不敢发问，在母后面前，泰然自若，好像从来没有什么事发生。即使这样，又有人告发睿宗窦德妃（玄宗的生母）的母亲庞氏有所不轨，庞氏被判处斩，差点丧命。出面替庞氏洗刷冤情的御史徐有功，被加上“阿党恶逆”的罪名判了绞刑，虽然最后没有被杀，也被革职除名。

二让皇兄——圣历元年（698）三月，武则天将废黜为庐陵王的中宗从房陵召回。睿宗“数称病不朝，请让位于中宗”，显然，睿宗称病只是一个借口，他是认为自己年幼，不愿意陷入和皇兄的政治较量。按照长幼的次序，兄长被迎接回到宫中，就表明母后还是有意把兄长选立为继承人的。唐睿宗的推让，不仅说明了他的明理和识趣，也使武则天可以名正言顺地重立唐中宗，同时避免了他们兄弟二人之间的不和谐。结果，睿宗这次以皇嗣身份让位皇兄为皇太子，自己再次被封为相王。神龙元年（705）张柬之等发动政变，杀死二张（昌宗、易之）兄弟，逼武则天退位，拥立中宗。中宗封睿宗为安国相王，拜太尉，以宰相身份参预国政。不到一个月，睿宗就上表辞让太尉和知政事，因为他态度坚决，中宗也只好答应。不久，中宗又别出心裁地把睿宗立为皇太弟，这显然与他推让皇位继承人的举动有关。对这一称呼，又因为睿宗的坚决推辞而作罢。由于睿宗的谦让，他在中宗复辟以后的政治漩涡中，虽然屡屡遭受猜忌也能够保得平安。