褚蒜子再次垂帘不到一年，司马丕“登仙”而去。褚蒜子于是又颁布一道册帝的太后诏书，立司马丕的弟弟司马奕为帝。此时桓温功高盖主，已有篡位之心，《晋书》记载：“初，桓温有不臣之心，欲先立功河朔，以收时望”，他想通过战功来扬名立威，达到篡夺皇位的目的。然而事与愿违，公元369年，桓温北伐前燕，在枋头(今河南汲县东北)被慕容垂打败。桓温也因此威望大减，于是便想用废立的办法来重新树立他的威权，“及枋头之败，威名顿挫，逐潜谋废立，以长威权”。他常说：“既不能流芳百世，不足覆遗臭万载耶”，既然我不能流芳千古了，那就让我遗臭万年吧，可见其篡立之心已决。 　　阴谋家总是既想达到自己的目的，又想做得不留痕迹，所以凡事之前，往往必先造势。桓温“因图废立，诬帝在藩夙有痿疾”(《晋书》)，为了达到目的，便广布谣言，说司马奕其实是个丧失了性能力的废人，要说使的这招也够损的。还说司马奕的三个皇子，都是他的三个男宠相龙、计好、朱灵宝生的，“嬖人相龙、计好、朱灵宝等参侍内寝，而二美人田氏、孟氏生三男，长欲封树，时人惑之”(《晋书》)，谣言真是可怕，弄的当时的人们都搞不懂真假了。于是桓温向褚蒜子提议废掉司马奕，改立丞相司马昱为帝。褚太后迫于桓温淫威，又因司马奕却已威信扫地，权衡利弊，只得下诏废掉司马奕，诏中说：“未亡人不幸，罹此百忧，感念存没，心焉如割。社稷大计，义不获已。临纸悲塞，如何可言”，从这段话中，我们既能看出她以国家大计为念的崇高，也能看出她不得已而为之的无奈。褚蒜子因而再次移居崇德宫，被尊称为崇德太后。 　　要说当时东晋的皇宫，还真是一个多事之秋。司马昱是桓温的傀儡，皇帝当得没尊严不算，还整日担惊受怕，在位仅8个月便一命归西。司马昱窝囊了一辈子，死前却做了件自己做主的事，也算是斗胆和桓温较了把劲。他遗诏自己11岁的儿子司马曜继任，没有遵循桓温的意愿禅让帝位给他。桓温也因此连气带病而死。于是群臣再次上表，请求退隐崇德宫的褚蒜子第三次出山。已经50岁的褚蒜子，作为堂嫂第三次垂帘听政，久涉政坛，已经让她非常成熟，这次她回复的很坚决，“苟可安社稷，利天下，亦岂有所执，辄敬从所启”(《晋书》)，义不容辞的责任感，让这个女人充满着正气。褚蒜子再次明张大义，令人叹服。 　　此次执政，褚蒜子逐步消除了桓温的子嗣势力，控制了朝中局面。褚蒜子仁行天下，将国家治理得头头是道。她曾下诏抚恤受灾的百姓，“水旱并臻，百姓失业，夙夜惟忧，不能忘怀，宜时拯恤，救其雕困。三吴义兴、晋陵及会稽遭水之县尤甚者，全除一年租布，其次听除半年”(《晋书》)。这些政令清明、与民生息的政治举措，也让社会经济得到长足发展。公元376年，褚太后再次下诏，归政于孝武帝司马曜。褚太后垂帘听政的政治生涯正式结束，从此她深居内宫，不问朝政。公元384年，这个对东晋王朝有着不可磨灭功勋的皇后，这个一生极富传奇色彩的伟大女性，因疾而终，享年61岁。