魏忠贤亲自提督东厂，锦衣卫官多是他的亲信和党徒。厂卫是魏忠贤专权的主要工具。 厂卫的主要任务之一是监视官僚系统。魏忠贤时代，豢养厂役数百人，在东厂抽签，分派各衙门。监视审狱的厂役叫听记，监视其他官府和各城门的厂役叫坐记。厂役将所探得事项汇报东厂叫打事件。有这一类情报，不论昼夜，都可直接从东华门投入。许显纯掌镇抚司，每审狱，魏忠贤必派人坐其后，“其人偶不来，即袖手不敢问”。至于社会上层人物的隐私，以至“家人米盐猥事”，很难躲过厂卫的耳目，多在宫中传笑。如宁安大长公主（兴献王女）之子李承恩，藏有公主所赐器物，也被发现。中书吴怀贤读杨涟疏，还不敢与他人交谈，只是击节称叹，被家人告密，死于非命，家亦被抄。工部郎中叶宪祖见内城建内祠，颇有感触，窃叹：“此天子幸辟雍道也，土偶能起立乎！”把魏忠贤神像称作土偶，大不敬。魏忠贤闻知，把他罢官削籍。 厂卫的触角也深入到民间。下面一件事很有代表性：“有四人夜饮密室，一人酒酣，谩骂魏忠贤，其三人噤不敢出声。骂未讫，番人摄四人至忠贤所，即磔骂者，而劳三人金，三人者魄丧不敢动。”三人始则“噤不敢出声”，继则“魄丧不敢动”，显然不是预先布置的圈套。 厂卫对民间的监视，尤其是针对富民的监视，也无孔不人。吴养春靠黄山收息，是徽州有名的富户。他的家仆告他私占黄山，历年所得租税计六十余万金。吴养春被逮至京，照数追赔，他本人被拷打而死，妻女自缢，家产尽收。郡中许多富户也因受牵连而破产。一般来说，专权宦官同外朝官僚、同民间富户的关系都是很紧张的。 另外，魏忠贤专权期间，还在社会上造成了相互监视的风气。如“有徐生者，偶过渡，逢一京师人同舟。生问曰：‘魏监荼毒朝绅，公复何似？’其人怒曰：‘魏尚公举朝奉为天生圣人，汝一小书生，敢妄低毁，何胆大如斗也！’”再如“南昌书肆中，有一生阅《三朝要典》，偶发不平之慨。忽一人攘臂直前，欲挟以见杨抚院。众为解劝，俾生与多金，始获免”。前一京师人和后一人肯定不是厂卫探事人员。对魏忠贤的不满和抨击还要受到此辈凌辱和威胁，或许是更大的悲剧。 　　作为封建专制工具的厂卫系统，在魏忠贤擅权时期，造成很多冤狱。扬州知府刘锋，试图收买有关方面，救援被押狱中的国戚李承恩，为东厂太监张体乾缉获。张体乾进一步诬陷刘铎勾结道人方景阳，诅咒魏忠贤。事实上，方景阳与刘锋根本不相识。刘被斩于市，方被毙于狱。处死民人，就更简单了。魏良卿旧宅有两大狮子，目下视，“魏太监怒之，榜石工至死”。 魏忠贤统领下的厂卫，所用刑罚之酷，更是令人发指。被称为“六君子”的杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章六人都受过全刑，各打四十棍，拶敲五十，夹杠五十。杨涟受刑最多，五日一审。许显纯令将他头面乱打，齿颊尽脱；钢针作刷，遍体扫烂如丝；以铜锤击胸，肋骨寸断；最后用铁钉贯顶，立刻致死。死后七日，方许领尸，止存血衣数片，残骨几根。左光斗估计，锦衣卫狱对他，或是“亟鞫以毙之”，或是“阴害于狱中”，如果送到法司，或无死理，于是“靡焉承顺”。他也被五日一审，“河话百出，裸体辱之。弛扭则受拶，弛镣则受夹，弛抄与夹，则仍戴扭镣以受棍”。另如周顺昌在狱中大骂许显纯，许显纯用铜锤击周顺昌齿，齿俱落。周宗建骂魏忠贤不识一丁，魏忠贤命以铁钉钉之，又使他穿绵衣，以沸汤浇之，顷刻皮肤卷烂，赤肉满身。