南京自一三六九年开始建设新城，一三七三年间告成，周回九十六里。一三九○年扩建外城，周回一百八十里，成为全国最大的城市。京城所在地应天府，领八县，据一三九三年的户口调查，应天府及所属上元等八县共有编户十六万三千九百一十五，口一百十九万三千六百二十（《明史》卷四十）。南京地处长江三角洲西端，在政治、军事、经济上都有重要地位，是六朝以来古都。明朝建都后，城中聚集了大批官员和新贵，也不能不出现为消费生活服务的工商业人口。城中匠户多达四万五千多户，担任运输工作的“仓脚夫”两万多户，从南方各省强制迁来的富户也有一万四千多户。南京城区人口，多至四十七万三千多人，是当时全国人口最多的都市。原来金陵的旧城区，仍是繁荣的商业区，居民的生活几乎都要依赖市场的商品供应。

北京原是元代的大都，是非生产性的消费城市。元顺帝撤离大都时，曾胁迫大都居民随行，城市经济秩序遭到战争破坏，人口锐减，经济凋敝。一三六九年整个北平府所辖各县的户口总数，只有一万四千九百七十四户，四万八千九百七十二口。（《顺天府志》卷八）北平城区所属的大兴、宛平两县，人户均不足三千，人口不足一万。一三七二年明廷为增加北平府的人口，曾把山后之民三万五千多户，十九万七千余口移置北平各州县卫所，籍为军户或民户，给田耕作。另有所谓“沙漠遗民”（指蒙古族人）三万二千余户在北平府管内置屯，开垦荒地。大兴县立四十九屯，共安置五千七百多户，宛平县立四十一屯，安置六千一百多户（《太祖实录》卷六六）。其后又多次移民，充实北平。成祖迁都前，又由南方迁徒富户，以实京师。北京人口逐渐增多。迁都北京后，北京城区居民绝大多数是外来移民，户口数迄无准确统计。北直隶共辖八府、二直隶州、七属州、一百一十六县。一三九三年统计共有三十三万四千七百九十二户，一百九十二万六千五百九十五口（《明史》卷四十）。作为北京所在地的顺天府人口，据一四九一年的统计，所领五州，二十二县，共有十万零五百一十八户，六十六万九千零三十三口。这六十多万人口，大多数属于大兴、宛平二县。北京城市居民当少于两县人口的总和。

南北两京商业的发展，有相当的差异。南京地处江南经济发达地区，城市手工业、商业有着长久的传统和优越的发展条件，商品经济的水平历来高于北方城市。而北京地处内地农业区的北境，明朝建国后，与北边的蒙古连年作战，西北的商业通道也被阻塞，只有南方一条经济孔道与内地各省往来，依靠大运河输送粮食及其他物资。

南北两京的体制，以南京控制南方财赋，以北京控制北方边防，这不仅有其政治上的意义，也在经济上会构成一条联结南北的连锁轴线。这是和当时全国商业市场结构相符的。南北纵向的商业贸易联系成为明朝商业的特征。