对忽必烈而言，李璮事件的发生表明，自金末以来尽专中原兵民之权的大小世侯，无疑是新王朝有效地巩固和强化自身统治的极大障碍。虽然公开称叛的只有李璮和个别响应者，但曾与李璮互相交通、非议朝政的诸侯为数并不少。为“潜销诸侯之横”以除后患，忽必烈当机立断，以“惩青徐之乱”为由，采取了一系列削弱世侯势力的措施：

一、在各地实行兵民分治的制度，避免地方长官集军、民之权于一身。中统三年十二月，诏“诸路管民官理民事，管军官掌兵戎，各有所司，不相统摄”（《元史·世祖纪二》）。至是，诸路军民总管，正式转变为只理民政的官职即路总管。诸侯如真定史氏、保定张氏等，都一度被削去军权，保留的都是文职。

二、至元元年（1264）十二月，罢各地管民官世袭，立迁转法，收世侯符节，易地为官；死后，其子孙按荫叙法授官而不再承袭父职。

三、对一家有数人居于要职的汉地世侯，规定兵民之权不可聚于一门，诸侯总兵者，其子弟勿复任兵事。制下，史天泽子侄同日解兵符者十七人。朝廷宣称这是“务裁诸侯权以保全之”。

四、中统四年五月，立枢密院，以皇子真金兼判枢密事，统一调度侍卫亲军和各地的蒙古、汉军万户。由是确立了千户、万户——统军司（分立于河南、山东）或元帅府（立于东西两川等地，后亦改为统军司）——枢密院的指挥系统，把军权集中控制在中央政府的手中。

上述措施的推行，不仅较为有效地抑制了汉地世侯的割据势力，同时也在行政和军事两大系统内，使专制主义中央集权制度的各主要环节基本上得以互相衔接，整合为一体。在这样的基础上，中统后期和至元之初，忽必烈加快了按中原封建王朝的传统模式进一步完善新政权的步伐。中统四年升开平府为上都。至元元年下诏，按前年议定给官员俸禄，颁公田，考殿最，定官吏员数，分品从官职。同年，改燕京为中都，定中外百官仪从，设翰林院。二年，依诏命省并州县，共省并地方建制二百二十余处。三年，正式实施对京、府、州、县、司官吏颁给官俸职田的制度。四年，始于中都东北营建新都城。八年十一月，下令禁行自国初以来用以折抵量刑的金朝刑律《泰和律》；以建“大元”国号诏颁天下。九年，改中都为大都，确定以大都为国家首都。从此，中书省、御史台、枢密院均置于大都，省台大员随皇帝巡幸上都时，则置分省、分台于彼。两都畿辅，成为国家的“腹里”之地。忽必烈明确宣布：“山以南，国之根本也”（《元史·董文炳传》），以之与“太祖皇帝肇定区夏，视居庸以北为内地”两相对照。可以看出，忽必烈的观念，与乃父乃祖相比已经发生了多么深刻的变化。