贵由即位之初，大权仍操在脱列哥那手中，后数月脱列哥那死，他才亲政，于是立即处死了法蒂玛和奥都刺合蛮；镇海、牙老瓦赤随阔端赴选汗大会，职位得以恢复；耶律楚材子铸袭父职为必阇赤长。贵由还下令拘收其母及诸王滥发的牌印，禁止无限制搜括。但由于他把与拔都的斗争放在第一位，并不注意改善政治，征索泛滥的现象未能有效制止，政事继续恶化。

1247年，贵由派野里知吉带（一译宴只吉歹，窝阔台时大断事官）为征西军统帅，命诸王各于所属军队中签发十分之二从征，并授予野里知吉带统辖阿姆河以西各地区和所驻蒙古镇戍军的全权，他人不得干预。前此除木华黎以外，没有第二人拥有这么大的权力。这一异常举动，明显含有对付拔都的意图，因为此时拔都的势力已扩展到高加索地区，而贵由则特别指明这个地区应归野里知吉带管辖。

1248年初，贵由假称到叶迷立养病，率领护卫军西行，真实目的是去攻打拔都。拖雷妻唆鲁禾帖尼识破其意图，遣急使报知拔都，于是拔都也起兵东来迎敌。三月，贵由抵达横相乙儿之地（今新疆乌伦古河上游河曲处）突然死去，当时传说他是被拔都派来的奸细毒死，一说是在与拔都弟昔班酒后斗殴中被打死。

贵由正后斡兀立海迷失回到了叶迷立自己的斡耳朵。拔都一方面按习惯请她摄政，一方面以长支宗王身份遣使召集各支宗王、那颜们到他的驻军地阿刺脱忽刺兀（在海押立附近）开会，商议推举新汗。唆鲁禾帖尼命长子蒙哥率诸弟及家臣赴会，但窝阔台系诸王除合丹外都借故拒绝参加，察合台后王也速蒙哥系由脱列哥那之命得立，故与窝阔台家族采取同样立场。大会按拔都的提议推举蒙哥为大汗。斡兀立海迷失派那颜八刺为代表与会，提出应尊照窝阔台遗命推举失烈门继位，遭到拔都、蒙哥诸弟及其亲信那颜的反驳，于是窝阔台、察合台两系诸王以选汗大会应在成吉思汗大帐举行为理由，不承认这次推举的合法性。蒙古统治集团内部为争夺汗位展开了激烈的残酷的斗争。