在少数民族和边疆地区，还根据不同情况设置宣抚使司、宣慰使司、安抚使司、招讨使司和宣慰使司都元帅府，从行政管理体系讲，这些使司统属于中央的宣政院。因为它们“掌军民之务，分道以总郡县”，在政务上与行省有一定的关系，所以使司对于“行省有政令则布于下，郡县有请则为达于省”。使司一般都设有使、同知、副使、经历、都事等员，由达鲁花赤任最高监临官。使司以下设万户府、千户所、百户所，各设达鲁花赤、万户、千户、百户为长官，并设有副职和负责具体事务的官吏。

根据各行省的具体情况，有的还设有懦学提举司、都转运使司、茶盐转运司、盐课提举司、市舶提举司等专门机构，分管各种专门事务，是统属于行省的单独行政体系，地方官府无权干涉它们的事务。

元代地方行政与中央一样，形成许多单独的行政体系，如在军事上统属于枢密院的镇抚卫所，监察上统属于御史台的肃政廉访（提刑按察）司，以及统属中央各专门职事部门的诸路匠人总管府、提举司和主管专门事务的局、所、司、库等，都独立于地方行政之外，而按自己的行政体系进行工作。在众多的行政体系中，属于通政院的驿传系统则是比较完备的一项制度。

元太宗窝阔台（公元1229——1241年在位，时尚为蒙古国）对自己评价说：“自坐我父亲大位之后，添了四件勾当，一件平了金国，一件立了站赤，一件无水处教穿井，一件各城池内立探马赤镇守了”。从那时起就已开始建立驿传（站赤）制度。忽必烈建立元朝后，这种驿传制度更加完善全国各地驿站林立，从和林到上都、大都，从大都到杭州，从南京到广州，从大都到东北、西北以至西藏等地，形成若干驿站交通线路，由中央通政院负责统率管理各驿站驿道，各驿站都设有专门官员主管，这不但加强了元朝对各地的统治，而且促进了各族人民之间的经济、文化交流，也使中外交通逐渐发达。

元朝完整的地方统治机构，加强了对地方和边疆的控制，巩固了国家的统一，也消除了封建势力赖以进行割据的基础。自元代至明清，虽然社会上曾经出现过许多动乱局面，也曾经出现过许多农民起义，但始终没有形成封建割据的局面，除政治和经济等方面的原因之外，地方行政制度的完整也有一定的关系。