首先，通过研究企图寻找文学发展的规律，这是古代文学界多少年来一直努力坚持的作法。特别是从上世纪80年代中期到90年代后期，这样的追求表现得更加迫切也更加自觉。如果从中国古代文学研究的一般意义上去认识和衡量，此举正是对传统研究的突破和推进，也是对传统研究缺陷的补足。但是，个别和普遍有时明显不一致，我们不否认全部中国文学史是一个整体，但整体的这一部分与那一部分之间、这一断代和另一断代之间就存在很大的不同，王国维“一代有一代之文学”的观点无疑是基于对中国文学这一阶段性差别的认识而提出的。这种差别性在先秦文学与秦汉以后文学的比较中表现得尤为突出。我们在研究中常常会遇到这样的情况，秦汉以后文学的文体发展脉络是清楚的（魏晋以后更是这样），而先秦文学则很难理清文体发展变化的脉络线索；秦汉以后文学具有相对的独立性，而先秦文学则是文史哲混而不分；秦汉以后文学的文学性是研究者衡量的尺度和标准，而先秦文学中研究者则很难坚持使用这一尺度和标准。仅就这些问题而言，我们就不能不承认先秦文学与秦汉以后的中国文学之间确实存在着很大的不同。而这种不同在我们的先秦文学研究中并没有引起重视。对这一问题的忽视一定程度上恰恰导致了我们对先秦文学研究定位的模糊。

第二，长期以来先秦文学研究基本是按四分法进行的，即神话、诗经、散文、楚辞。虽然从文学史的划分来讲，先秦文学是一个相对完整的整体，但这个整体可以说只是一个以时间为标准圈定的外在形式，四部分之间既很少产生内在联系，研究过程中又很难真正做到打通。但是如何打通，在什么意义上打通？至今未能达成共识。先秦文学需要打通研究，但打通研究事实上又难以开展，这不能不说是一个很折磨人的问题。

第三，由于时代久远，先秦文学研究对象的确定性和可信度比起秦汉以后的文学文本明显差了不少。多年来，我们普遍认可先秦思想文化的丰富和成熟，它的博大精深也往往成为一代代学人不懈研究的理由。但是，先秦文学“文献不足征”的问题始终让研究者心头的迷雾挥之不去。比如像极具典型性的《诗经》文本与音乐的关系问题，本应是《诗经》研究中一个很有价值的大问题，但直到眼下因文献不足而只好使一个颇具魅力的问题成为一笔难以启口的“呆账”。近年，随着一些长眠地下的帛书和竹简如长沙马王堆帛书、阜阳汉简、荆门竹简、“上博”简等纷纷重见天日，不仅为先秦文学研究提供了新的对象，也提供了新的视野和新的维度。但是，问题还有另外一面。我们如果能够冷静理性地看待地下发掘对先秦文学研究的直接促进作用，我们认为它对先秦思想史、先秦文化史和先秦学术史的重要性要远大于也远高于它对先秦文学的重要。起码先秦文学界在热烈追随考古发现若干年来，与以往相比，它取得的研究成果虽有变化但尚未见有重大的突破性进展。这一问题解决不好，对先秦文学研究的进一步深入发展势必也会产生新的困扰。