二十四年正月，清定边右副将军富德率兵3000自乌鲁木齐驰援，至呼尔满（今莎车东北），与叛军骑兵5000激战四五昼夜，获胜，渡叶儿羌河，与参赞舒赫德、都统阿里衮部会师。兆惠闻援军至，督兵突围。清军会师振旅，还阿克苏。
　　六月，兆惠和富德各率兵1.5万分别攻喀什噶尔和叶儿羌。清军两路会师在叶尔羌城东黑水河畔击败叛军，乘胜分军，攻取喀什噶尔和叶尔羌。大小和卓见大势已去，大掠城中财物后率部弃城南逃，越葱岭西遁，逃往帕米尔。清军追至伊西洱库尔淖尔，将叛军围在山岭上，一面施放火器，一面大呼招降。叛军“降者蔽山而下，声如奔雷，小和卓木手刃之不能止也”(魏源《圣武记·乾隆勘定回疆记》)。清军获叛军降卒1.2万余。
　　1759年夏天，大小和卓带着妻孥旧仆三四百人逃奔巴达克山(今阿富汗东部)。清军派人与巴达克当地部族交涉，八月，大、小和卓被巴达克山部首领素勒坦沙执杀，把尸首送交清朝。(《圣武记·乾隆勘定回疆记》)
　　在南疆人民的支持下，清军终于粉碎这次叛乱，重新统一了新疆地区。 自此，清廷加强对天山南北的统治。