大、小和卓是中国西北地区历史上两位著名的伊斯兰教领袖。大和卓是指波罗尼都（？一1759年），新疆喀什噶尔人，伊斯兰教白山派和卓玛罕木特的长子。小和卓指霍集占（？一1759年），伊斯兰教白山派和卓玛罕木特的幼子。和卓是波斯语的汉语音译，意思是“圣裔”，就是专指伊斯兰教创始者穆罕默德的子孙，后用来称呼伊斯兰教学者和大阿訇。
　　康熙十九年（1680），卫拉特蒙古准噶尔部统治回部后，对其首领实行人质制。
　　1755清朝政府出兵平定了新疆准噶尔分裂势力，乾隆二十年五月，清军攻克伊犁，释放作为人质禁锢于伊犁的大和卓（名波罗尼都）、小和卓（名霍集占）。波罗尼都率领他的弟弟霍集占等30多人投奔清朝军队。伊犁平定后，清朝命令他返回南疆，招抚旧部，统领维吾尔民众。大和卓返叶儿羌（今莎车）统领回部，小和卓留伊犁掌管伊斯兰教务。
　　1756年小和卓霍集占从伊犁逃回，参与卫拉特蒙古辉特部首领阿睦尔撒纳阴谋发动叛乱，兵败逃叶儿羌。
　　乾隆二十二年(1757年)，杀害清廷所遣前往招抚的副都统阿敏道，自立为巴图尔汗，波罗尼都受到鼓动。他们号召各城起兵反清，一起集众数十万叛乱，举兵反对清朝政府，叛军控制了天山南路的大部分地方。
　　乾隆二十三年(1758年)二月，清廷命雅尔哈善为靖逆将军，率满、汉兵万余自吐鲁番进发，进入南疆(天山南路)平叛。起初，清军出师不利。但由于大小和卓残酷地压迫维吾尔族人民，“兵饷、徭役繁兴，供给稍迟，家立破；及出亡(兵败逃亡)，又尽其赀以行，民脂殆竭”(《平定准噶尔方略》前编卷15)。人民不堪其苦，纷纷逃亡。
　　五月，围叛军据点库车。大、小和卓率万余鸟枪兵自叶儿羌经阿克苏赴援，被清军击败，伤亡4000余人，旋率残部入库车固守。雅尔哈善未乘胜进击，而坐守军营终日博弈，疏于戒备，致使大、小和卓乘夜率400骑逃遁，雅尔哈善以贻误军机罪被处死。清军攻克库车后，小和卓逃到阿克苏，守城维吾尔族人闭门不纳，只得逃到乌什，同样为乌什维族人所拒，遂退保叶尔羌。大和卓则据守喀什噶尔。大小和卓相约各守一城。两人相为倚角，抗击清军。
　　十月，定边将军兆惠率步骑4000至叶儿羌，三战三胜，然以兵少不能取城，即于城东隔河结“黑水营”自固待援。叛军万余人包围黑水营，用炮轰、水淹、偷袭等方式频繁攻击。清军坚守三个月，伤亡甚众。