而在“本星期预定工作课目”，则把“督导台湾事变之处理”列为最优先。至于具体的处理方案，以及已经公开的蒋亲笔手谕给陈仪，指示“不可报复”，“从宽处理”等字眼，则未见诸于日记上。

隔天(3月9日)，第21师从基隆登陆上岸。当天蒋在日记记载：“朝课后写公侠信，召见刘雨卿等指示到台湾后之方针与部署毕。晚与健生(按，白崇禧) 谈台湾与华北情形。”

3月12日蒋在日记第三度批评陈仪：“不自知其短缺使余处理为难。”晚上又找了白崇禧谈台湾情况，“彼决暂缓行，以待时局略定也。”白崇禧后来是在3月17日由蒋经国陪同抵台宣慰。

3月15日，蒋在日记写到：“台湾事变自军队运到后已大半敉平，然亦未曾根本解决也。可知新复之地与边省全靠兵力维持也。”

接下来，蒋介石日记中的“反省录”与“工作课目”，连续出现有关台湾善后处理措施的记录，包括“研究台湾派员处理善后之时机”、“台湾省政府组织之发表”、“台湾省政府与行政长官公署存废时期之决定”、“台湾省政府主席与组织之决定”等等，显示他对于事变过后，如何尽快使台湾导入正轨十分重视。

至于屡遭蒋批评“不事先预防又不实报”的陈仪，虽已于3月17日致电蒋介石，表示“对此次事变决议引咎辞职”，但蒋没有同意。蒋不仅没有立刻撤换陈仪，反而责备当时党内相逼太急。

例如，3月23日国民党三中全会通过将陈仪撤职查办、清查孔祥熙财产，及要求当时的“外交部长”王世杰离职，蒋在日记中大加批评：“三中全会对庸之(按，指孔祥熙)要求清查其财产，对公侠要求撤职查办，对雪廷(按，指王世杰)要求去职等不负责的挟意报复，只求逞快一时而不问是否不顾大局之行为，……实为毁灭本党自身之祸因，党德党纪毁灭殆尽矣，可痛。”

6月18日 陈仪枪决马场町

直到4月22日，当时的“行政院”会议通过撤销“台湾省行政长官公署”，改组为“省政府”，以前“驻美大使”魏道明为“省政府主席”，5月15日抵台履新，台湾事变的处理至此告一段落。陈仪改任当时的“国民政府”顾问，5月11日离台，来年6月担任浙江省主席，后因被控“勾结中共，阴谋叛乱”被捕，经军法审讯终结判处死刑，蒋介石于1950年6月14日批准执行，而于18日在台北马场町刑场枪决。